基因组学与应用生物学杂志

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基因组学与应用生物学杂志 北大期刊 CSCD期刊 统计源期刊

Genomics and Applied Biology

  • 45-1369/Q 国内刊号
  • 1674-568X 国际刊号
  • 1.11 影响因子
  • 1-3个月下单 审稿周期
基因组学与应用生物学是广西大学主办的一本学术期刊,主要刊载该领域内的原创性研究论文、综述和评论等。杂志于1982年创刊,目前已被维普收录(中)、CA 化学文摘(美)等知名数据库收录,是广西大学主管的国家重点学术期刊之一。基因组学与应用生物学在学术界享有很高的声誉和影响力,该期刊发表的文章具有较高的学术水平和实践价值,为读者提供更多的实践案例和行业信息,得到了广大读者的广泛关注和引用。
栏目设置:综述与专论、研究论文、研究报告、实验技术。

基因组学与应用生物学 2015年第06期杂志 文档列表

基于denovo测序分析Bt菌株S3299-1基因组特征-

摘要:分离菌株S3299-1是从海南省吊罗山热带雨林自然保护区土壤中分离保存的对小菜蛾具有杀虫活性的苏云金芽孢杆菌,但目前尚未明确该菌株的杀虫蛋白基因。本研究主要采用Illumina Hiseq2000二代测序平台对分离菌株S3299-1基因组进行Survey测序以挖掘该菌株的杀虫蛋白基因。研究结果表明:S3299-1基因组的大小为5 498 939 bp,GC含量为34.94%,Scaffold 176个,ORF 5 755个,将Scaffold进行拼接得到4个复制子,即一个大小为4 338 kb的拟核和3个不同的质粒(S3299-1p01,S3299-1p02,S3299-1p03),并预测可能含有的毒蛋白编码基因有25个。通过草图测序以及生物信息学分析手段获得S3299-1的框架图,预测该菌株可能含有的杀虫蛋白基因以及为今后研究该菌株的杀虫蛋白功能提供基础。

甘蔗几丁质酶基因ScChiⅣ1的克隆、序列分析及其表达-

摘要:几丁质酶(Chitinase,EC 3.2.2.14)参与植物的生长发育及防卫反应。本研究借助电子克隆技术,以甘蔗(Saccharum spp.)抗黑穗病基因型崖城05-179针刺接种黑穗病菌(Sporisorium scitamineum)48 h的蔗芽c DNA为实验材料,克隆获得一个甘蔗几丁质酶c DNA序列(Gen Bank登录号:KP165001),命名为Sc ChiⅣ1。生物信息学分析结果显示,该核苷酸序列全长为1 037 bp,包含1个长为825 bp的完整开放读码框,编码274个氨基酸,理论等电点为8.29。该基因推导的编码蛋白属于糖苷水解酶19家族成员,含信号肽和几丁质结合区,胞外定位的概率为0.820,推测Sc ChiⅣ1是一种胞外分泌蛋白,同时兼具溶菌酶活性。聚类结果显示,Sc ChiⅣ1归属于ClassⅣ几丁质酶基因。荧光定量PCR分析显示,甘蔗接种黑穗病菌后的96 h内,抗、感基因型中Sc ChiⅣ1表达量均高于对照,且在亲和互作中Sc ChiⅣ1转录本上升应答快(6 h),并在接种黑穗病菌后96 h持续更长,其在甘蔗不同黑穗病抗/感基因型材料(崖城05-179/柳城03-182)与黑穗病菌互作中的表达模式存在差异,但总体结果表明Sc ChiⅣ1受黑穗病菌胁迫诱导表达。本研究为后续甘蔗几丁质酶功能鉴定及甘蔗抗黑穗病基因工程研究奠定基础。

vv-2ogo,一个在草菇原基中高表达的基因-

摘要:本研究结合草菇子实体不同生长时期的表达谱数据及荧光定量PCR分析结果,获得一个在原基高表达的基因,推测它与草菇原基时期子实体的生长分化有关。基因组注释结果显示它是一个编码2-OG依赖性氧合酶(2-oxoglutarate dependent oxygenases)的基因,系统发育分析也支持基因注释的结果,该基因被我们命名为vv-2ogo。转录组Reads定位结果表明,该基因全长1 451 bp,含有3个外显子,2个内含子,编码440个氨基酸,其中第二个内含子在RNA加工过程中有保留现象。

巨桉叶片总RNA提取方法比较-

摘要:本研究以巨桉嫩叶为材料,通过试剂盒法、改良CTAB法和改良SDS法,进行巨桉嫩叶总RNA提取方法的比较试验,探讨适合巨桉嫩叶总RNA提取的方法。通过超微量分光光度计、凝胶电泳和RT-PCR对总RNA提取质量进行检验,结果表明:改良CTAB和改良SDS法均能获得高质量的总RNA,条带清晰,纯度高,效果稳定,均适用于桉树叶片总RNA提取。