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摘要：<正>投稿论文必须注明谁是通讯作者。本刊视通讯作者为投稿论文的责任作者,保证所有的作者都看过并同意稿件的内容,都同意在稿件上的署名及其排序,也同意将其投给《基因组学与应用生物学》刊物。如编辑部需要,同意提供有关验证论文的试验结果所必需的材料和方法。本刊采用知识共享署名许可(Creative Commons Attribution License 3.0)协议,因此,凡在本刊发表的论文,只要对原作有恰蛋白质基因组学:进展、策略及问题
摘要：蛋白质基因组学(proteogenomics)是一种用来确定新肽的更综合的方法,不仅能在蛋白质水平上验证基因表达和基因精细模式,还能改进蛋白质序列数据库。本文首先总结了现有基因组注释方法,结合质谱技术的发展,详细介绍了基于质谱的蛋白质组学的研究进展;其次,我们还重点呈现和探讨了蛋白质基因组学研究中的蛋白质片段化问题,及质谱数据比对库的构建和肽与蛋白质的鉴定及验证;最后,进一步探讨了基于蛋白质基因组学的基因组注释方法的优缺点。Os-miR1435基因对水稻的遗传转化及耐冷功能鉴定
摘要：MicroRNA(miRNA)在植物对各种逆境胁迫的反应中发挥重要的作用。本研究室在前期研究中,通过基因芯片技术构建了水稻冷胁迫miRNA基因表达谱,并筛选获得了冷胁迫诱导表达的miRNA基因2个——Os-miR1435和Os-miR535。本研究针对Os-miR1435基因,首先采用USERTM技术构建植物超量表达载体,采用农杆菌介导法侵染水稻愈伤组织,获得转基因水稻株系。通过对比野生型和转基因水稻植株的生长发育及农艺性状,发现Os-miR1435基因的超量表达降低了转基因水稻的结实率。通过对比野生型和转基因水稻在种子萌发期和幼苗期冷胁迫处理表型,表明Os-miR1435基因没有影响冷胁迫处理下水稻种子的萌发和幼苗生长。进一步采用psRNATarget软件预测了Os-miR1435的靶基因,通过Real-timePCR分析了靶基因在野生型和转基因植株中的表达量差异,并对靶基因进行了进化分析。本研究将为进一步深入研究Os-miR1435的生物学功能奠定重要的基础。基于RNA-Seq数据筛选的小桐子抗冷相关基因的表达模式及其聚类分析
摘要：能源树种小桐子属冷敏植物,受低温胁迫影响涉及到形态、生理、生化、基因表达及调控等多个方面。我们最近通过RNA-Seq技术获得了小桐子低温锻炼转录组(45 251条Unigene)及其数字基因表达谱数据,发现在12℃低温锻炼下有4 185个基因表达量发生变化,其中在不同锻炼时间(12 h,24 h,48 h)内都发生变化的基因有553个。本工作从中选择了22个与对照相比有较大表达差异、新诱导的或被公认的抗冷相关基因,通过半定量RT-PCR及进一步聚类分析检测它们在小桐子不同组织及低温锻炼过程中的表达模式,结合其数字基因表达结果以期找出与小桐子抗冷性密切相关的潜在关键基因,为小桐子抗冷性的遗传改良打下基础。贝叶斯因子法在畜禽全基因组关联分析中的应用
摘要：为了剔除畜禽全基因组关联分析结果中的假阳性结果,寻找最优的假设检验方法,解决畜禽全基因组关联分析中的多重比较问题,本研究将现有GWAS研究中常用的七种假设检验方法和贝叶斯因子法进行比较。通过对模拟数据和公开数据集的研究,结果表明:畜禽全基因组关联分析中用贝叶斯因子法进行假设推断,其优良的统计性能与假设检验数目(SNP数)和最小等位基因频率(MAF)基本无关,其在假设检验中的某些表现优于其它几种基于p值(p-value)的方法。本研究为进一步解决畜禽全基因组关联分析中的多重比较问题奠定了基础。Genomics and Applied Biology(GAB)
摘要：<正>Genomics and Applied Biology(ISSN 1925-1602)is an open access and peer reviewed journal published online by Bio Publisher.The journal is committed to publishing and disseminating all the latest and outstanding research articles,letters and reviews in all areas不溶性染料检测木聚糖在大鼠肠道的消化特性
摘要：建立一种简捷、灵敏和直观的方法,测定木聚糖在实验大鼠肠道各个区段消化率。将20只健康SPF级SD雄性大鼠按体重随机分成2组,每组10只,分别喂以含0%、3%木聚糖的高脂高糖饲料7周后,将含3%木聚糖的饲料更换为含3%不溶性气巴蓝着色木聚糖的饲料,饲喂1周后颈椎脱臼法处死大鼠,快速解剖,收集空肠、回肠、盲肠、结肠和直肠内容物,根据浸提液625 nm处的吸光值得出气巴蓝染料含量,并换算出木聚糖的肠道消化率。结果表明,木聚糖到达空肠、回肠、盲肠、结肠段的消化率分别为0%、6.9%、62.5%和85.5%,到直肠段的消化率可达100%,人工提取的木聚糖可在大鼠肠道内被微生物充分降解,并基本均匀地分布于整个大肠段内消化,且可输送到最远端的直肠段才会被消化完全。我们的结果表明木聚糖是一种优质膳食纤维资源。本文建立的不溶性显色基质法测定木聚糖在肠道中的消化率,具有简捷、灵敏和直观的效果,并为其它膳食纤维的消化特性研究提供了有益的启示。Bioscience Methods(BM)
摘要：<正>Bioscience Methods(ISSN 1925-1920)is an open access,peer reviewed journal published online by Bio Publisher.The journal publishes all the latest and outstanding research articles,letters and reviews in all areas of bioscience,the range of topics including(but are not复方山药-苦瓜醇提取物对2型糖尿病大鼠糖脂代谢的影响
摘要：为了弄清复方山药-苦瓜的醇提取物的降血糖作用,本研究通过2型糖尿病大鼠模型探讨复方山药-苦瓜的醇提物降糖作用的机制。我们选用48只SD大鼠(美国Sprague Dawley农场用Wistar大鼠培育而成,故得名SD大鼠),采用高脂饮食配合注射小剂量链脲菌素(STZ)培养成2型糖尿病(NIDDM)模型,随机分为6组:模型对照组、正常对照组、山药-苦瓜水提取物高剂量治疗组、山药-苦瓜醇提取物高剂量治疗组、山药-苦瓜醇提取物中剂量治疗组以及山药-苦瓜醇提取物低剂量治疗组。各治疗组分别灌胃给予上述提取物,模型对照组和正常对照组给予生理盐水,上述各组均灌胃28 d。在灌胃结束后,禁食12 h后各测定一次空腹血糖(FBG),尾静脉取血测定血清中甘油三酯(TG)、总胆固醇(TC)、高密度脂蛋白(HDL)各指标值。结果表明:模型组TG(甘油三酯)、TC(总胆固醇)水平比正常对照组高,说明STZ可使小鼠血糖升高的同时,升高TG、TC水平;山药-苦瓜醇提取物能不同程度改善TG、TC水平且效果明显优于山药-苦瓜水提取物;对于HDL(高密度脂蛋白),模型对照组与空白对照组之间的差异不明显。我们认为山药-苦瓜醇提取物治疗2型糖尿病效果优于山药-苦瓜水提取物,可能与山药-苦瓜醇提取物降低TG和TC含量有关。马氏珠母贝TOR基因cDNA的克隆与组织表达分析
摘要：TOR(target of rapamycin)是一类进化上非常保守的蛋白激酶,参与调节多种生化代谢,协调蛋白质的生物合成和降解。本研究采用c DNA末端快速扩增技术(RACE),克隆获得了马氏珠母贝TOR基因c DNA全长序列(pm-TOR);同时利用荧光定量技术检测了pm-TOR基因m RNA在马氏珠母贝各个组织中的表达含量。结果表明:pm-TOR基因c DNA序列全长9 220 bp,开放阅读框(ORF)长7 488 bp,编码2 495个氨基酸,5’非翻译区(5’UTR)长157 bp,3’UTR长1 575 bp。氨基酸序列同源比对分析显示pm-TOR氨基酸序列与其他物种具有较高的保守性,与牡蛎(Crassostrea gigas)的TOR的序列相似度为79%。荧光定量PCR数据分析显示,TOR基因的m RNA在马氏珠母贝血液、性腺、肝胰脏、外套膜、闭壳肌和鳃组织中均有表达,其中肝胰脏和性腺中表达量较高,血液中表达量较低。本研究为进一步阐述TOR在马氏珠母贝中生长和发育调控中的作用提供理论基础。《分子植物育种》征稿启事
摘要：<正>《分子植物育种》是由国家科技部批准,国家新闻出版署核准的刊物。本刊"立足国内,面向国际",是一份为转基因育种、分子标记辅助育种及常规育种服务的国际化科学杂志。围绕水稻、小麦、玉米、油菜、大豆、棉麻、薯类、果树、蔬菜、花卉、茶叶、林草等,刊登分子遗传育种理论、分子育种方法、分子育种研究动态以及优良种质培育等方面的科学论文应用成果。从2003年创刊以来,已被美国化学文摘(CA),英国《国际农业与金针菇子实体发育有关的漆酶编码基因Fv-lac4的结构及表达差异分析
摘要：本研究在金针菇基因组及转录组数据分析的基础上,克隆得到一个编码漆酶的基因,命名为:fv-lac4。该基因编码的蛋白具备完整的真菌漆酶保守结构域,前23个氨基酸残基为信号肽。fv-lac4全长2 660 bp,含有15个外显子、14个内含子,ORF全长1 929 bp,编码642个氨基酸,预测分子量为68.9 k D,p I 4.71。定量PCR分析结果表明,fv-lac4在菌丝阶段表达量很低,从子实体原基形成开始出现高表达,并且菌柄的表达量高于菌盖,这一检测结果表明该基因与子实体的生长与发育有关。农杆菌介导的苹果炭疽叶枯病菌遗传转化及插入突变体的筛选
摘要：围小丛壳菌,一种子囊菌真菌,能引起苹果炭疽叶枯病。本研究的目的是建立和优化农杆菌介导的苹果炭疽叶枯病菌遗传转化技术体系,获得产孢与致病性变异的突变体,为开展该菌的分生孢子形成机制、致病机理研究奠定基础。对影响转化效率的主要因子进行单因子条件测验,对转化子进行PCR鉴定、绿色荧光观察和产孢及致病性分析。优化的遗传转化体系:预诱导4 h,培养介质滤纸,分生孢子浓度1伊106个/m L,农杆菌浓度OD600=0.3,乙酰丁香酮浓度50滋mol/m L,21℃,共培养时间24 h。利用这一体系,每106个分生孢子能产生350~400个转化子。通过转化子潮霉素抗性基因的PCR检测和荧光观察,证实潮霉素抗性基因和gfp基因已成功整合到该病菌基因组中。产孢和致病性检测结果显示,转化子M421、M755和M903致病力明显下降,转化子M285和M744丧失了致病能力,转化子M598和M856丧失了产孢能力和致病能力。本研究建立和优化了农杆菌介导的苹果炭疽叶枯病菌遗传转化技术体系,构建了该病菌的绿色荧光蛋白标记的突变体库,获得了产孢与致病性变异的转化子。农杆菌介导一个内源HMG-box转录因子fvhom1转化金针菇
摘要：利用本实验室金针菇(Flammulina velutipes)基因组、转录组数据对一个内源HMG-box转录因子fvhom1进行了基因结构和表达量分析。通过根癌农杆菌介导转化的方法,以金针菇菌丝球为受体材料转入含该内源HMG-box转录因子的过表达载体,并获得了一个稳定的转化子。该转化子的潮霉素抗性筛选及潮霉素磷酸转移酶基因的PCR扩增结果均证明该过表达载体已整合到金针菇的基因组中。在无选择压力的的PDA固体培养基上继代培养培养5次后仍检测到潮霉素磷酸转移酶基因的存在,表明转入的质粒片段在转基因金针菇中稳定遗传。对该转化子菌丝生长速度测定结果表明,突变体的菌丝生长速度比野生型金针菇菌株显著变慢。实时荧光定量PCR结果表明,突变体中该转录因子表达量与野生型金针菇菌株相比显著上调了100倍左右。该转化子的获得为下一步深入研究金针菇HMG-box转录因子的功能提供了数据支持。Molecular Plant Breeding(MPB)
摘要：<正>Molecular Plant Breeding(online,ISSN 1923-8266)is an open access and peer reviewed journal.It publishes original research papers involving in the transgenic breeding and marker assisted breeding in plants,particular in the areas of transgene,molecular genet-具抑菌活性杉木内生菌的分离、鉴定及培养条件优化
摘要：从杉木根部分离获得一株具部分拮抗活性的内生细菌,通过生理生化、菌株形态及16S r DNA序列同源性分析对菌株进行了鉴定,并对不同培养条件下其发酵粗提物的抑菌活性进行了考察,确定了最佳培养条件。结果表明,所获菌株属于芽孢杆菌属(登录号:KC257097),命名为SM-8;其发酵粗提液对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌具有较强的抑制效果;确定最佳培养条件为蔗糖(2%)、蛋白胨(1%)、p H 6.0、30℃。Bacillus sp.SM-8的分离及培养条件的优化,为进一步富集、分离代谢活性物质的工作奠定了基础。产纤维素酶菌株的筛选鉴定及发酵条件优化
摘要：从土壤中分离出两株产纤维素酶的菌株,经分子生物学鉴定分别为芽孢杆菌(Bacillus)和不动杆菌(Acinetobacter)。经透明水解圈测量和酶活测定,筛选出芽孢杆菌(Bacillus)进行产纤维素酶发酵条件优化,发酵参数包括碳源、氮源、培养时间、金属离子、培养温度、p H和接种量,通过正交试验设计确定最佳培养组分和条件为:10 g/L CMC、10 g/L胰蛋白胨、3 g/L K2HPO4、3 g/L Na H2PO4、3 g/L Fe CI3、0.5 g/L Na Cl、p H 6.5,培养温度32℃,培养时间24 h,接种量为4%(v)。优化后的最高纤维素酶活性为72.91 U/m L。International Journal of Aquaculture(IJA)
摘要：<正>International Journal of Aquaculture(ISSN 1927-5773)is an open access,peer reviewed journal published online by Bio Publisher.The journal publishes all the latest and outstanding research articles,letters and reviews in all working and studying within the
