基因组学与应用生物学杂志 北大期刊 CSCD期刊 统计源期刊

基因组学与应用生物学 2013年第04期杂志 文档列表

基因组学与应用生物学杂志研究论文

板栗疫病菌ntl基因的功能研究420-427

摘要：板栗疫病菌（Cryphonectria parasitic曲是引起板栗疫病的病原真菌。在实验室前期研究中，获得了一个不支持病毒复制且丧失致病力的板栗疫病菌紫外诱变突变株Uv57。与野生型菌株EPl55相比，uv57中检测不到蛋白100472的表达。为研究蛋白100472的功能，我们构建了编码100472蛋白的ntl基因的缺失突变体△ntl及其互补转化株Antl—com。与野生型EP155相比，Antl菌株表型不变，但对休眠板栗树枝的致病性明显降低，而互补转化株Antl．com的致病力与野生型没有区别。mf基因的缺失不影响低毒病毒CHVl-EP713的复制累积量，但导致参与G蛋白信号传导途径的cpgal、cp加1、cpgcl和stel2基因以及参与MAPK途径的cpmkl转录水平明显下调。本研究结果为阐明病原真菌致病机制提供了新的知识。

普通群体基因频率逐代演变的一个不变量与平衡区域428-431

摘要：建立普通群体基因型频率逐代演变规律的数学模型，发现在各代中RR与rr的频率的差为不变量，它与平衡状态的鼢的频率一一对应。在育种工作中这个不变量是可观测的，作物选种即是人为改变群体基因频率，因此它有一定的参考意义。获得由第一代基因型频率计算平衡状态基因型频率的公式，推导出平衡状态基因型频率与异交率的换算方法。

基因组学与应用生物学杂志研究报告

S．fredii WGF03 SiR基因的功能鉴定432-439

摘要：亚硫酸盐还原酶催化亚硫酸盐还原为硫化物，参与了生物硫循环。为了明确亚硫酸盐还原酶在S船捌WGF03中是否与亚硫酸盐同化途径有关，通过分子克隆技术，采用同源双交换的方法，利用质粒pKl8mobsaeB构建SiR基因缺失突变体SiRI。用不同硫源的液体MM培养基培养检测，发现互补菌株CSiRI与野生型菌株能够利用亚硫酸盐作为唯一硫源，而突变体SiRI却不能，结果证实了亚硫酸还原酶确实与亚硫酸盐同化途径有关。植株试验表明突变株SiRI比野生菌株WGF03推迟结瘤2～3d，固氮酶活比野生菌株低12％左右，但在瘤数，瘤重，植株干重的平均值却差异不大。

大肠杆菌全局调控蛋白CsrA中抑制十字花科黑腐病菌胞外蛋白酶活性所必需的氨基酸残基的鉴定440-448

摘要：CsrA／RsmA蛋白家族是细菌中一类重要的转录后全局调控因子，它们调控细菌的碳代谢、次生代谢、运动、生物被膜形成以及致病等过程。CsrA／RsmA蛋白家族通常由60～72个氨基酸基组成，其中第1至第52位氨基酸高度保守，而第53位以后的氨基酸则高度可变。目前人们认为其氨基酸高度保守性是不同种属细菌CsrA／RsmA功能和作用机理相似的基础，但是其高度可变区与不同种属CsrA／RsmA蛋白功能差异的关系尚不清楚。我们之前的研究显示，大肠杆菌（Escherichiacoli）的CsrA（CsrAE删）蛋白的高度可变区（第53至第61位氨基酸残基）具有强烈的抑制十字花科黑腐病菌（XanthomonztscampeStr／spathovarcampestris，简称‰c）胞外蛋白酶活性的能力。本研究中，我们采用丙氨酸置换方法，确定了CsrA。蒯可变区中抑制xcc胞外蛋白酶活性必需的氨基酸残基。结果显示，CsrAE枷蛋白的第54位赖氨酸（K54）、第60位丝氨酸（S60）和第61位酪氨酸（Y61）置换成丙氨酸后，csrA‰。蛋白丧失了抑制Xcc胞外蛋白酶活性的能力；而其它位点的丙氨酸置换不影响其抑制Xcc胞外蛋白酶活性的能力。这个结果证明K54、S60和Y61是CsrAE.coli抑制Xcc胞外蛋白酶活性所必需的，为揭示大肠杆菌的CsrA。融蛋白抑制Xcc胞外蛋白酶活性的分子机理奠定基础。

一株脱氮硫杆菌的筛选及其脱氮除硫性能分析449-452

摘要：利用人工模拟酸性环境，从定期浇注HCl的土壤中筛选出一株脱氮硫杆菌T1菌株，并对其生长特性以及pH、盐度等理化因素对其脱氮除硫性能的影响进行了研究。结果表明，该菌株最适生长pH为7．02，最适脱氮pH为7．0；培养基中NaCl含量低于1．5％时，其脱氮能力没明显变化；与硫酸盐还原菌混菌培养能将H2S氧化为SO42-，从而明显抑制H：S的产生。在液体静置混菌培养过程中，在培养开始后的24h内，SO42-生成速率最大（11．21mg／（L．h）），随后不断降低。该菌不仅适用于不同pH、盐度废水的生物处理，还可以与硫酸盐还原菌混合添加到厌氧消化池中以减少硫化物的形成，从而减轻后者对污水处理系统中的金属设备和管道的腐蚀作用以及硫化氢对大气的污染。

一株氨氧化细菌的分离鉴定及其氨氧化特性453-458

摘要：以城市污水处理工程的好氧活陛污泥为菌源，通过富集、分离纯化，筛选出一株自养型氨氧化细菌CM-NR014，进一步研究了该菌株的系统发育地位及氨氧化特性。根据菌株的形态学特征、生理生化特性及16SrDNA序列测定分析，确定该菌株属于亚硝酸单胞杆菌。CM．NR014菌株的最大氨氧化速率24．54mg／（L·d），利用氨的K。值45．66mg／L，氨自身的抑制常数2401mg／L，最大氨氧化速率的氨浓度331．2mg／L。亚硝酸盐对氨氧化的抑制常数1524mg／L。氨氧化的最适pH7．79。氨氧化的最适温度34~C。菌株在初始氨氮浓度为180mg／L，最佳氨氧化pH、温度条件下，4d内氨氮降解率达到91．6％，菌株倍增时间2．94d。

关岭牛MyoD I基因启动子报告质粒的构建及活性验证459-466

摘要：为了克隆关岭牛MyoDI基因启动子并验证其启动活性，根据GenBank中牛的MyoDI基因序列设计PCR引物，用PCR技术扩增牛Mr。DI基因的启动子，构建重组克隆载体pUCmT-MyoDI；并通过PCR扩增、限制性酶切、测序及生物信息学分析对阳性克隆进行鉴定；构建报告质粒pGL3-MyoDI，并将其转染小鼠C2C12、3T3-L1细胞系，检测其24h后的双荧光素酶活性。实验结果获得了关岭牛MyoDI基因启动子，其序列长度为993bp，并成功构建了MyoDI启动子报告质粒；双荧光素酶活性检测表明pGL3-MyoDI在小鼠C2C12细胞中的表达是pGL3空载体40．65倍，在小鼠3T3-L1细胞中的表达是空载体的1．13倍，MyoDI启动子在小鼠C2C12细胞中的表达高于3T3-L1细胞（料p〈0．01）。结果表明关岭牛MyoDI基因启动子具有启动活性，在小鼠骨骼肌细胞中特异性表达。

猪乙型脑炎病毒广西分离株FC792的囊膜糖蛋白E基因克隆及生物信息学分析467-478

摘要：为了研究开发快速、敏感、特异的猪乙型脑炎（Japanese encephalitis，JE）诊断试剂和免疫效果良好的猪JE基因工程疫苗，对2011年分离到的广西猪乙型脑炎病毒（Japanese encephalitis virus，JEV）FC792株的E基因进行克隆、测序及生物信息学分析。结果测序获得1500bp的完整FC792株E基因序列，经同源性比对及遗传进化树分析表明，FC792株为基因Ⅲ型JEV毒株，且属于弱毒株。应用在线软件SignalP4．1对FC792株E蛋白进行信号肽的预测，结果预测到FC792株E蛋白不存在信号肽。应用在线软件NetNGlyc1．0预测到FC792株E蛋白存在1个N-糖基化位点：154一NYSA，线软件NetPhos2．0预测到其存在如下磷酸化位点：丝氨酸（Ser）有10个位点；苏氨酸（Thr）有6个位点；酪氨酸（Tyr）有5个位点。应用在线免疫信息学软件预测到FC792株E蛋白有16个B细胞抗原优势表位（分值（scorel≥0．85），5个CTL抗原表位，10个Th抗原表位。应用在线软件GOR4预测FC792株E蛋白的二级结构，发现仪一螺旋区域占21．20％，延伸链区域占30．40％；无规则卷曲区域占48．40％。应用在线软件SWISS—MODEL对FC792株E蛋白进行三维结构预测的同源模建，结果可见FC792株E蛋白存在大量的无规则卷曲和延伸链区域，并有多个α-螺旋区域，它们螺旋扭转卷曲形成近似左右对称的2个亚基的二聚体空间立体结构。研究结果为今后研制猪JE诊断抗原和猪JE基因工程疫苗提供参考借鉴。

干扰素调节因子新剪接异构体IRF7-e的结构及功能479-485

摘要：干扰素调节因子7是诱导I型干扰素表达的最主要的转录因子。寻找IRF7新的剪接异构体，研究其结构及功能，为探索IRF7参与调控I型干扰素机制的多样性提供基础。通过PCR和Sanger测序获得了IRF7一种新的剪接形式IRF7-e，并通过RACE获取了IRF7-e基因全长。IRF7-e全长为1994bp，含5＇-UTR410bp，3＇-UTR120bp，开放阅读框1464bp，编码487个氨基酸的蛋白，预测其等电点为6．659，蛋白分子量为52．8kD。双荧光素酶报告分析表明过表达IRF7-e能够提高I型干扰素IFNα和IFNβ启动子的活性，其中对IFNα启动子活性提高了12．18倍，对IFNB的启动子活性提高了2．99倍。表明IRF7-e可能参与I型干扰素的调控。

贵州地方水稻种质资源籼-粳遗传分化的InDel分子标记研究486-496

摘要：本研究利用36对InDel分子标记引物对贵州地方水稻种质的籼一粳遗传分化和亲缘关系进行分析，结果表明，82份贵州地方栽培稻中49份为粳稻，33份为籼稻，贵州地方栽培稻“禾”品种主要属于粳稻，而“谷”品种主要为籼稻。基于Nei氏遗传距离的亲缘关系分析表明在粳稻群体和籼稻群体中均存在与野生稻亲缘关系近的品种，其中的粳稻品种与野生稻的遗传关系比之籼稻品种近。而基于MCMC算法的遗传结构分析揭示了贵州地方籼稻品种中存在较为复杂的遗传结构。分子变异分析显示，粳稻和籼稻品种的遗传变异主要来自亚种内，遗传多样性分析表明其亚种内籼稻品种的遗传多样性略高于粳稻品种。研究结果揭示了贵州省黔东南地区栽培稻种质资源的籼一粳分化程度、遗传关系及其遗传多样性。

水稻Osε-cop1基因的原核表达及多克隆抗体制备497-502

摘要：εCOP蛋白是真核生物分泌途径中COPI有被小泡的一个亚基。本研究利用PCR技术扩增水稻ε-cop基N（Osεcopl）的ORF（开放阅读框），并克隆到原核表达载体pET-23d上，将表达载体pET—Osεcopl转入大肠杆菌BL21（DE3），以1．0mmol／L的IPTGfisopropyl B—D—thiogalactoside）诱导表达重组蛋白，然后以重组蛋白作为抗原免疫家兔，制备多克隆抗体。SDS．PAGE电泳分析结果表明，成功诱导表达了分子量约为35kD的重组蛋白，Westernblot检测表明，免疫家兔的抗血清与水稻幼穗总蛋白杂交信号较好。Osε-COPl抗体的制备有助于研究该基因及COPI小泡在水稻中的功能。

黄连木PcSAD基因的克隆及分析503-509

摘要：中国黄连木（Pistacia chinensis Bunge）是种重要的优良木本油料树种，分布广，而且种子具有含油量高、出油率高、油品质好等优点，是生产生物柴油的理想原料。硬脂酰-酰基载体蛋白脱饱和酶（stearoyl—ACPdesat—urase，SAD）在植物中催化不饱和脂肪酸生物合成的第一步脱饱和反应，对植物细胞膜和种子油脂中脂肪酸成分的调控起着重要作用。本研究采用RACE及RT．PCR方法，首次从黄连木种子中克隆获得长度为1791bp的SAD基因（命名为PcSAD），该基因含有1299bp完整的开放阅读框、编码432个氨基酸。生物信息学分析发现，黄连木PeSAD基因的核苷酸序列及其编码的氨基酸序列与已报道的其它相近物种具有较高同源性，而且PcSAD含有典型的酰基载体蛋白脱饱和酶2和类铁蛋白家族的保守结构域；另外，开展了PcSAD的原核表达载体构建及诱导表达体研究。上述研究结果可为黄连木PcSAD基因的功能鉴及应用定奠定重要基础。

秦艽香叶醇-10羟化酶（G10H）基因的克隆及序列分析510-515

摘要：香叶醇-10羟化酶（geraniol 10-hydroxylase，GIOH）是中药秦艽中龙胆苦苷等环烯醚萜苷类成分合成途径的限速酶。本研究克隆了秦艽GIOH基因，并对其基因及编码蛋白序列的特征进行了生物信息学分析，结果显示：秦艽GIOH基因包含一个完整的长1491bp的ORF框，编码496个氨基酸：GmG10H与长春花、川西樟牙菜等植物GIOH蛋白具有很高的同源性（≥69％），无跨膜结构域、信号肽等结构，可能定位于细胞质中。定量PCR结果显示，GmG10H主要在秦艽的花和根中进行表达。

菠菜性别相关SRAP分子标记的筛选及分析516-521

摘要：菠菜（2n=2x=12）是研究雌雄异株植物性别分化的一种理想材料。本研究利用SRAP（sequence re—lated amplified polymorphism）分子标记方法，采用256对引物组合对菠菜雌、雄基因池进行筛选，后利用聚丙烯酰胺凝胶电泳和琼脂糖凝胶电泳进行检测。结果表明，经过对256对引物组合进行筛选，其中20对引物组合扩增效果较好，共获得47个雌性特异片段和29个雄性特异片段，其多态性达到19．9％；在这20对引物组合中，引物对emll＋mel4、eml0＋mel0经琼脂糖凝胶电泳验证扩增效果最好，可以扩增出菠菜雄、雌稳定的分子标记。本研究获得的性别特异标记可以用于菠菜幼苗期性别鉴定，同时为菠菜性别相关基因的克隆奠定了基础。

花梨木组织培养外植体消毒方法初步探讨522-525

摘要：针对在花梨木（Dalbergia odofifera T．Chen）组织培养过程中外植体的有效消毒方法进行研究。外植体消毒主要以2年生以上实生苗的茎段为材料，开展了茎段外植体次氯酸钠（5％，10％，15％）和升汞（0．05％，0．1％，0．2％）3个浓度水平的消毒试验。在此基础上，开展了外植体消毒的时间试验，次氯酸钠消毒时间为10min、20min、30min，升汞消毒时间为5min、10min、15min。结果表明：茎段外植体采用10％浓度的次氯酸钠消毒效果较好，最佳消毒方式75％的酒精浸泡2rain，10％次氯酸钠消毒20min，该方法污染率最低、存活力最高。

广西甜茶ISSR-PCR反应条件的建立与优化526-532

摘要：为了探讨广西甜茶ISSR实验中的多种因素对实验结果的影响，采用单因素法对PCR反应体系中的5个潜在因素（MgLdNTP，引物，Toq酶和模板DNA）在5水平上进行优化实验，并进一步优化了反应程序中的退火温度和循环次数。结果表明：25¨L的最佳反应体系为，lxPCRBuffer、MgCl22．0mmol／L、dNTP0．2mmol／L、引物0．8μmol／L、7锄DNA聚合酶0．75U、模板DNA80ng；最佳反应程序为：在94℃下进行3min预变性；随后循环扩增35次（包括94℃变性lmin,54℃退火1mm,72℃延伸1min）；最后在72℃下延伸10min。本研究建立的广西甜茶的最佳ISSR—PCR反应条件为进一步进行遗传多样性研究奠定了基础。

基因组学与应用生物学杂志评述与展望

生防细菌在植物病害防治中的应用533-539

摘要：生防细菌资源极为丰富，因其具有对环境友好的优点使之成为植物病害防控技术研究的热点。本文阐述了植物内生细菌和根际细菌的筛选、鉴定和活性测定技术，介绍了芽孢杆菌、假单胞菌和其它生防细菌的应用概况和作用机理，论述了生防细菌制剂商业化生产与大田应用可能遇到的问题，提出生防细菌的基因改造和制剂复配可能成为今后技术研发的关键。

植物根系分泌物的研究方法540-547

摘要：根系分泌物是植物根系释放到根际环境中的有机物质的总称，对土壤结构形成、土壤养分转化、植物养分吸收、土壤微生物分布、环境胁迫缓解等方面都具有重要作用。但是，由于土壤中微生物对根系分泌物的降解以及根系分泌物本身含量低、成分复杂，根系分泌物的研究方法一直是植物营养学与土壤科学的研究热点和难点。近年来，一些新的实验技术和研究方法被应用到对植物根系分泌物的研究中。本文对目前在根系分泌物研究中应用较多的以及新发展起来的各种收集、分离和鉴定方法进行了综述，希望有助于相关研究者在针对不同的研究对象和目的时选择出可行、合适、高效的根系分泌物研究方法和技术。