基因组学与应用生物学杂志 北大期刊 CSCD期刊 统计源期刊

基因组学与应用生物学 2013年第02期杂志 文档列表

基因组学与应用生物学杂志研究论文

S100A4原核表达载体的构建以及蛋白的表达和纯化142-148

摘要：S100A4是S100蛋白家族的成员，在细胞的增殖、分化、损伤修复以及肿瘤细胞转移等方面发挥重要的调控作用。本研究将S100A4全长基因构建到pET28a原核表达载体上，利用大肠杆菌表达系统表达和纯化出高纯度的重组人S100A4。通过试验证明，重组人S100A4蛋白在体外可以有效地增强黑色素瘤细胞A375-S2的增殖。重组人S100A4原核表达与纯化方法的建立将促进其结构和生物学功能研究，并且对于S100蛋白家族其它蛋白的表达与纯化具有重要的参考意义。

过表达秋茄C2H2型锌指蛋白基因KcZFP提高烟草耐盐性149-158

摘要：基因转录调节是植物对非生物胁迫适应机制的一个重要方面，转录调节因子在胁迫信号转导途径中调节下游基因的表达，在建立植物对胁迫适应性过程中起到重要作用。锌指蛋白是功能多样的转录调节因子蛋白家族，家族成员在植物响应非生物胁迫方面扮演着重要角色。本研究以秋茄C2H2型锌指蛋白编码基因KcZFP为目的基因，在烟草中过表达KcZFP，分析C2H2型锌指蛋白在植物耐盐性中的作用。研究结果显示：转基因株系中，KcZFP表达量显著提高。过表达KcZFP的烟草植株的耐盐性明显提高，在200mmol／LNaCl处理的条件下，KcZFP过表达烟草中脯氨酸水平远高于野生型植株。对光合作用参数比较分析显示，在KcZ即过表达植株中净光合速率受盐胁迫的影响小于野生型植株，光合系统在一定程度上得到了保护。研究结果说明Kcz即作为转录调节因子参与了植物的渗透调节，对植物的耐盐性具有贡献。

基因组学与应用生物学杂志研究报告

贵州白山羊GFI1B基因多态性与生长性状的相关性159-164

摘要：本试验旨在研究贵州白山羊GH1B基因第八外显子的多态性，及其与生长性状的相关性。通过PCR-RFLP技术对贵州白山羊外显子SNPs位点进行检测，利用一般线形模型分析其与生长性状的关联性。结果显示，供试群体中在外显子上检测到2个SNPs位点，即第八外显子263（G／r）和340（G／A）。最小二乘法分析表明，G340A位点，CC型和DD型的体重、体长、胸深和胸宽对CD型达到差异及显著水平（p〈0．01）。本研究检测到的GHlB基因第八外显子340（G／A）多态性位点可作为贵州白山羊生长性状的候选分子标记。

猪瘟病毒NS2—3抗原集中区基因的原核表达及鉴定165-169

摘要：为获得猪瘟病毒（classical swine fever virus, CSFV）NS2—3抗原集中区蛋白，并建立CSFV抗体快速检测方法。本研究以CSFV全长基因组质粒为模板，PCR扩增NS2—3抗原表位集中区，利用扩增片段和克隆载体，构建重组表达质粒，命名为pET32a—NS2-3-1。重组表达质粒转化Rosetta（DE3）细胞，利用IPTG诱导表达，SDS—PAGE电泳和Westem—blot鉴定重组表达产物。结果表明，重组质粒pET32a-NS2-311在28℃诱导5h得到高效表达，重组蛋白能够与兔抗CSFV阳性血清发生反应。获得CSFVNS2—3抗原集中区蛋白，并且获得的重组蛋白具有抗原性，能够作为CSFV抗体检测的抗原。

Myogenin蛋白在五指山猪和长白猪骨骼肌中的表达170-176

摘要：本研究采用免疫荧光及免疫组化DAB显色技术来检测Myogenin蛋白在五指山猪和长白猪胎儿和成年猪的骨骼肌中的定位和表达情况，并通过平均光密度统计分析Myogenin蛋白在五指山猪和长白猪胎儿和成年猪骨骼肌中表达水平。结果表明：Myogenin蛋白表达定位于骨骼肌细胞核表达；在五指山猪和长白猪胎儿和成年猪的腿部骨骼肌和背部骨骼肌中均检测到阳性产物，在猪胎儿期间骨骼肌中Myogenin蛋白的表达水平高于其在成熟猪骨骼肌中的表达；且在同种猪腿部骨骼肌中的表达水平显著高于其在背部骨骼肌中的表达；此外还检测到Myogenin蛋白在五指山猪骨骼肌中表达均显著高于其在长白猪骨骼肌中的表达（P〈0．05）。本研究得到的Myogenin蛋白在五指山猪和长白猪骨骼肌中存在显著的表达差异结果，为今后研究不同猪种间骨骼肌发育差异及探讨五指山猪矮小机制和发育机理提供了理论基础。

家蚕肠道纤维素酶菌株的筛选及产酶条件的优化研究177-184

摘要：从5龄家蚕肠道分离筛选得到一株产纤维素酶菌株BMC-2，以羧甲基纤维素酶（CMCase）比活力为响应值，通过Plackett-Burman试验设计、最陡爬坡试验和Box．Behnken试验设计对菌株BMC-2产纤维素酶发酵条件进行优化，结果表明，发酵时间、发酵温度、培养基初始pH和转速对CMCase比活力具有显著影响，其影响程度由大到小依次为发酵时间、培养基初始pH、发酵温度、转速。确定菌株BMC-2产纤维素酶最优发酵条件为：发酵时间94．35h，发酵温度30．3℃，培养基初始pH7．01，转速179r／min。在此条件下，CMCase比活力理论值为25．801U／mg，验证值为25．526U／mg，较产酶条件优化前提高了1倍，预测模型可靠性高，可应用于菌株BMC-2产纤维素酶条件的优化。

谢瓦氏曲霉间型变种YchF基因cDNA全长克隆及序列分析185-189

摘要：从谢瓦氏曲霉间型变种抑制性差减杂交（SSH）文库中，筛选到一个子囊孢子时期差异表达的序列标签A0128．860，以其序列为模板设计特异性引物，利用RT—PCR及RACE技术克隆获得了该基因的全长cD—NA，命名为eYchF。生物信息学分析显示，该基因包含一个1182bp的完整开放阅读框（ORF），编码393个氨基酸，相对分子质量为43．4669kD，预测的理论等电点为6．99，包括一个保守的Gdomain（guaninenu-cleotide—bindingdomain）和一个TGS（ThrRS，GTPase，SpoT）domain，为疏水蛋白。序列同源性分析表明：该基因与棒曲霉似spergillusclavatus NRRL I）的GTP结合蛋白YchF相似度为84％，谢瓦氏曲霉间型变种YchF基因的克隆及生物信息学分析为YchF的进一步研究奠定了基础。

雨生红球藻基因组文库的构建及鉴定190-195

摘要：本研究以雨生红球藻34—1n为材料，提取其基因组DNA，利用限制性内切酶Sau3AI对基因组DNA进行酶解，回收6～8kb的基因组DN段，并浓缩至200ng／i,zL。该片段与经BamHI酶切和去磷酸化处理后的pUC18载体连接，然后电击转化到受体菌Escherichia.coliDH5仅中，获得雨生红球藻34-1n的基因组文库。该文库的平均插入片段长度约为6．5kb，获得6x10s个克隆数。通过PCR筛选，由雨生红球藻基因组文库中获得含bktl序列的单克隆菌，与β-胡萝卜素氧化酶序列（GenBank：DQ086233．1）进行比对，结果表明bktl基因组序列含有6个外显子。本研究为进一步鉴定雨生红球藻相关基因提供了一个文库平台。

拟南芥DG1参与叶绿体早期光合蛋白合成功能196-200

摘要：拟南芥中已有466个PPR蛋白，已有研究证实许多PPR蛋白参与细胞器基因表达的转录后调节，但大部分PPR蛋白分子作用机制尚不清楚。Delayedgreening1（DGl）是定位于叶绿体中的的PPR蛋白，研究结果证实该蛋白是通过与SIG6因子相互作用降低PEP转录活性从而影响叶绿体早期发育。本研究利用拟南芥Dgl基因功能缺陷型突变体研究了DGl蛋白对光系统蛋白复合体组成及其光转化效率的影响。77K荧光发射光谱分析发现dgl突变体幼叶PsⅡ中电子传递速度明显低于野生型，而成熟叶片与野生型基本一致；蓝绿温和胶分析结果表明：相对于野生型在dgl突变体新生叶中PsⅡ、PsI及其超聚复合物含量均有不同程度降低；进一步温和胶二向电泳及蛋白免疫印迹分析显示，在纠突变体新生叶中，由叶绿体编码的光系统蛋白复合物组成亚基含量显著降低，而核编码复合物组成亚基含量与野生型相比没有明显区别。上述实验结果进一步确定了DGl蛋白是通过调控叶绿体编码基因的表达进而调节光系统复合物的生物合成与组装，最终影响拟南芥叶绿体早期发育。因此，我们认为DGl蛋白对于叶绿体发育早期光合蛋白的合成是必需的。

热带假丝酵母产生子囊孢子的条件及单倍体分离的研究201-206

摘要：本文研究了诱导热带假丝酵母子囊孢子产生和子囊破壁的条件，以及单倍体分离和鉴别方法。结果表明：NaAc、KCl这两种成分即可满足热带假丝酵母的产孢营养要求，在含有NaAc8．2gm、KCl1．8gm的琼脂培养基中，28℃培养7d，热带假丝酵母细胞的产孢率可达到47．5％；单纯使用蜗牛酶对破除热带假丝酵母子囊壁的效率甚低，酶解液加入适量的石英砂同时振荡处理4h左右，可以显著提高对热带假丝酵母子囊破壁速率。用这种方法处理，绝大多数子囊壁均可破除。子囊破壁处理后再以52℃处理10min杀死残余的营养体细胞，分离物的单倍体孢子比例可由灭活处理前的48％，提高到76％以上。

吉富罗非鱼群体遗传多样性的AFLP分析207-211

摘要：为了分析吉富罗非鱼的遗传多样性，为其育种提供理论依据，本实验利用5对引物组合（E—AGG／M—CTT，E—AGG／M-CTG，E—AAC／M．CAG，E-ACA／M-CTG，E—ACA／M-CAG）对广东省化州光辉养殖场有限公司新选育的吉富罗非鱼第16代群体（F，6）进行遗传多样性的AFLP分析。27个个体共检出187个扩增位点，其中多态位点163个，平均每对引物扩增出32．6个位点，多态位点比例87．17％；平均Nei’s基因多样性0．2886；平均Shannon’s指数0．4339。结果说明实验群体存在较丰富的遗传多样性且保持有较高的遗传杂合度，具有进一步育种和开发的价值。

基于cpDNAatpB-rbcL非编码序列分析桫椤种群遗传结构和遗传多样性，以贵州赤水桫椤部级自然保护区为例212-215

摘要：以PCR产物克隆后测序的方法测定了贵州赤水桫椤部级自然保护区3个种群59个个体的叶绿体DNA（cpDNA）atpB—rbcL非编码区序列。序列长度介于727～732bp之间，具长度多态性，A＋T百分比含量较高，介于63．27％～63．89％之间。遗传多样性水平较低，表现出较高的单倍型多样（h=0．639）和低的核苷酸多样性（Dij=0．00028）并存的特征，提示现有种群可能源自一个有效群体规模较小的种群的快速扩张，扩张时间尚短，不足以形成更为复杂的遗传结构。种群间的高基因流Nm、低遗传分化度峙、AMOVA分析以及DNA歧异度结果一致显示各种群间无明显的遗传分化。

基因组学与应用生物学杂志技术主题

在发育性变化相关基因表达特性检测中内参基因的有效性和实时定量PCR解析方法的适用性216-226

摘要：实时定量PCR技术（quantitative real—time PCRassay，rtQ—PCR）是一种快速检测核酸水平的方法。在多数相对定量法的运用过程中，会同时引入内参基因用以校正由于采样和操作误差所带来的样本之间核酸总量的差别。一个理想的内参基因的表达水平必须维持恒定或至少不受实际试验条件和机体发育变化的影响。由于作为候选内参基因的看家基因也可能会随着试验条件改变呈现出发育性变化和／或差异表达，故在相关研究中，内参基因的选择就成为试验的关键和难点。本研究采用rtQ—PCR技术，以鸭胚胎期和出雏早期肝脏中，GPImRNA表达的发育性变化检测为例，探讨涉及发育性变化的基因表达解析过程中内参基因的选择，并评估绝对和相对定量两种解析方法的适用性。我们认为涉及发育性变化的基因表达解析过程中内参基因的选择时，采用2aa法对内参基因的有效性进行的组间评价，比Genorm等方法对内参基因的有效性进行的整体评价更为科学：涉及发育性变化的基因表达解析过程中，如果难以找到一个理想的内参基因时，绝对rtQ—PCR解析方法将比随意选取一种内参基因作为内标的相对rtQ—PCR解析方法更为简单和适用，结果的解析也更为直观和可靠。

湖北海棠DNA的CTAB改良法提取及其SSR反应体系优化227-231

摘要：为了利用分子标记技术研究湖北海棠的起源、系统发育和分类问题，本研究对湖北海棠及其近缘种叶DNA的CTAB提取法进行改良，并对SSR体系优化。结果表明，将EDTA用量从20mmol／L提高到80mmol／L，加大PVP和RNA酶的用量，有助于提高从湖北海棠叶中提取的DNA质量；利用反复实验优化的SSR体系，可从40对引物中筛选出18对多态性好、条带清晰的湖北海棠SSR引物。本研究筛选出的多态引物，将为探讨湖北海棠的起源、进化和遗传变异等提供基础资料。

基因组学与应用生物学杂志数据分析

鲨烯合酶基因的密码子偏性分析232-239

摘要：为了分析鲨烯合酶（squalenesynthase，ss）基因密码子的使用方式及其影响因素，利用codonW和SPSS16．0软件对47条来自不同物种的嬲基因进行多元统计分析、对应性分析。髂基因密码子1～3位碱基的GC含量（GC1，GC2和GC3）依次为51．33％、34．65％和54．37％，3个位点的GC含量均呈极显著相关关系（p〈0．01），对应性分析的结果表明，第1轴显示30．71％的差异，有效密码子数和GC3、GC1和GC2的均值与GC3之间的相关性均达极显著水平（p〈0．01）。筛选出的26个最优密码子的第3位碱基均为G或C。以MEGA5．0构建的基于SS蛋白质序列的进化树比基于RSCU的聚类更符合传统的系统发育观点。SS基因密码子偏好以G／C结尾，使用模式受选择和突变影响，突变对密码子偏好影响较大。

葡萄孤儿基因的表达分析和功能推测240-245

摘要：孤儿基因为某物种基因组内特有的，在其它物种内没有同源基因存在的特殊基因。对物种孤儿基因的鉴定和分析己成为比较基因组学研究的一个新兴领域。本研究通过生物信息学的分析，着重研究了49个葡萄孤儿基因在各发育阶段和各器官中的特异表达特性、亚细胞定位预测和共表达基因群的生物学过程基因本体论（GO）分析。结果显示，35个基因在NCBI的EST数据库中存在EST表达证据，其中有7个基因具有器官表达特异性，且大部分在生殖器官中特异表达。通过亚细胞定位预测到大部分葡萄孤儿基因为分泌蛋白。GO分析表明葡萄孤儿基因的共表达基因群主要参与寡肽转运和跨膜运输等生物学过程，这与葡萄孤儿基因的亚细胞定位预测结果相一致。本文研究结果将为葡萄孤儿基因的进一步功能分析提供重要研究基础。

蜜蜂蜂毒主要成分与功能研究进展246-253

摘要：蜜蜂蜂毒（honeybee venom）作为重要的蜂产品之一，其中的很多蛋白在抗炎、抗癌、抗菌、抗辐射和杀虫等方面具有很好的效果。20世纪40年代以来，国内外在蜂毒活性成分分析、作用机理、重要基因克隆和毒蛋白功能等方面进行广泛地研究，取得了重要的进展。本文的目的是总结蜜蜂蜂毒主要成分磷脂酶A2、透明质酸酶、蜂毒肽、蜂毒明肽、肥大细胞脱粒肽和镇静肽等毒蛋白的基因结构、生化特性及功能等方面的研究进展，为蜂毒基因的研究和利用提供一定的理论基础。

基因组学与应用生物学杂志评述与展望

cDNA-AFLP技术在植物耐盐基因鉴定上的应用254-259

摘要：cDNA-AFLP技术是近年来广泛应用于植物基因分离与表达研究的mRNA指纹图谱技术，在分离植物特异性基因等生物技术研究中发挥了巨大作用。在植物耐盐基因鉴定方面，该技术的应用处于新兴初始阶段，但己取得了诸多成效。本文在概述植物耐盐响应机制的基础上，着重对利用cDNA—AFLP技术鉴定的植物耐盐相关基因及其相应作用机制进行了阐述，并对其在植物耐盐分子生物学研究上的应用前景进行了展望。