基因组学与应用生物学杂志 北大期刊 CSCD期刊 统计源期刊

基因组学与应用生物学 2012年第06期杂志 文档列表

基因组学与应用生物学杂志研究论文

猪源大肠杆菌 O157：H7与 O157的差异蛋白质组学分析531-537

摘要：为了阐述 O157：H7与 O157的致病力差异与蛋白质表达差异之间的关系,我们利用双向电泳技术和质谱技术对大肠杆菌两类菌株之间进行蛋白质组学差异分析.菌体蛋白经双向电泳技术分离后,利用软件Image MasterTM 2D Platinum 7.0对所得双向电泳图谱进行差异分析并借助质谱技术对差异蛋白质点进行鉴定,获得了背景清晰、分辨率高、重复性好的菌体总蛋白的双向电泳图谱.两样品图谱差异分析结果表明,共确定了28个有效的蛋白质差异点（Av. ratio〉2.0, ANOVA〈0.05）,经质谱鉴定将这28个差异点注释成23种蛋白质.对得到注释的23种蛋白质进行功能分类,发现7类蛋白质与致病性密切相关,即溶菌酶抑制剂、通用应激蛋白、LuxS、鞭毛蛋白以及 3种外膜蛋白.本结果将为进一步研究 O157：H7菌株的致病因子,探究O157：H7与其它大肠杆菌菌株的致病力差异,以及建立快速鉴别诊断 O157：H7的试剂盒提供重要的依据.

水稻矮秆多分蘖突变体det1的遗传分析和基因定位538-543

摘要：从 EMS 诱变日本晴种子的 M2代中筛选得到一个植株明显矮化、分蘖数急剧增多的突变体,命名为 det1（dwarf and excessively-tillering 1）.det1还显示出明显的穗型、粒型和育性等方面的生殖发育缺陷.遗传分析表明,det1受一对隐性基因控制.以 det1与品种 DZ60杂交建立了 F2定位群体,利用微卫星标记分析F2群体中的突变体,将 DET1基因定位在第6染色体长臂端,标记 SSR2和 SSR3之间约68 kb 的范围内.已知该区间内存在一个与水稻株高和分蘖有关的基因 D3.测序结果表明,DET1与 D3是同一个基因,编码一个 LRR 型的 F-box 蛋白.与 d3相比,det1还显示了新的表型特征,推测可能是等位基因的不同突变位点造成的.det1/d3的表型特征提示,DET1/D3在调节水稻生长发育过程中具有多效性.因此,利用 det1开展进一步的研究将有助于全面揭示 DET1/D3的分子功能.

基因组学与应用生物学杂志研究报告

秦川牛胎儿成纤维细胞表达A-FABP基因条件的优化和鉴定544-548

摘要：为了向转基因牛提供过表达 A-FABP 的供核细胞,本研究从 NCBI 中查找牛脂肪型脂肪酸结合蛋白（Albert, A-FABP）基因全长 cDNA 序列,通过简并密码子的方法设计特异性引物.A-FABP 基因通过公司合成,与 pEGFP-C1载体连接形成重组质粒 pEGFP-C1-A-FABP.分离获得3株秦川牛胎儿成纤维细胞（battle embryonic fibroblast, BEF）,分别用 DMEM 和 D/F12进行培养,随机选择一株细胞优化外源基因转染条件.用优化的条件转染这3株细胞,800滋g/mL G-418进行筛选,挑取单克隆,获得稳定转染 A-FABP 的细胞株.PCR 和 RT-PCR 检测细胞 A-FABP 基因的表达.结果显示,D/F12比 DMEM 能促进细胞的增殖（p〈0.05）;细胞在高糖 DMEM 的转染效率显著高于 D/F12（p〈0.05）;2株胎儿成纤维细胞（1雄1雌）获得5株稳定表达的细胞,其中4株来源于雌性细胞.结果证明细胞培养基、性别和细胞系影响牛 A-FABP 转基因效率.

不同牛种CSN1S1基因启动子区SNP研究549-553

摘要：为研究牛 CSN1S1基因启动子多态性,选择产奶性能差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同 DNA 池,设计1对引物分别扩增2个牛种 CSN1S1基因5＇调控区及第1外显子部分序列总长1035 bp.结果表明：CSN1S1基因5＇调控区存在3个新 SNPs 位点：G-531A、C-706T、T-761C,2个牛品种在各位点表现出不同多态性特征.生物信息学软件预测 CSN1S1基因核心启动子区及转录因子结合位点,SNP 位点造成核心启动子区 2个重要转录因子结合位点消失,而产生3个新的转录因子结合位点.突变前后 RNA 二级结构有明显改变,目标序列未发现 CpG 岛.研究结果为进一步确定 CSN1S1启动子功能奠定实验基础.

犬细小病毒VP2基因的克隆与生物信息学分析554-558

摘要：本研究旨在克隆犬细小病毒 VP2（Canine parvovirus VP2, CPV-VP2）基因,构建克隆载体 pMD18-T-VP2,分析其生物信息学特征.以犬细小病毒（CPV）阳性病犬血液基因组病毒 DNA 为模板,PCR 扩增CPV-VP2基因,通过 TA 克隆获得 pMD18-T-VP2重组质粒,测序后对其进行生物信息学分析.结果表明：（1） CPV-VP2完整的开放阅读框由1755个核苷酸组成,共编码585个氨基酸残基,其序列同源性与浣熊最高,达97.6%;（2）信号肽在线预测认为,CPV-VP2基因无信号肽;（3） CPV-VP2大多数氨基酸偏好以 T、A 结尾的密码子;（4） CPV-VP2蛋白可能存在7个糖基化位点,其丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸分别存在8个、10个和7个磷酸化位点;（5） CPV-VP2可能存在76个 B 细胞抗原表位;（6） CPV-VP2蛋白为亲水性蛋白,无跨膜结构;（7） CPV-VP2蛋白二级结构的琢-螺旋区域占9.93%、茁-折叠区域占24.49%、无规则卷曲区域占65.58%;（8） CPV-VP2蛋白三级结构存在多个螺旋和折叠区域,主要以无规则卷曲为主.本研究为制定CPV-VP2基因原核或真核高效表达策略提供了参考资料,并为进一步制备 CPV 胶体金快速诊断试纸条和基因工程疫苗奠定了基础.

中国沿海主要养殖贝类四种原虫病流行病学的调查研究559-566

摘要：为全面系统了解中国沿海主要养殖贝类4种原虫病的分布和流行状况,本研究从2006年10月到2012年10月的6年间,在中国主要贝类养殖海区采集牡蛎、文蛤和扇贝等11种养殖贝类331批共11291份,并对其四种原虫的感染情况进行检测和调查.结果显示,4种原虫的感染率累计为15.28%（1725/11291）,其中感染率最高的为派琴虫（9.98%）（1127/11291）,其次为尼氏单孢子虫（3.99%）（451/11291）,最低为折光马尔太虫（1.30%）（147/11291）,未检出包拉米虫的感染.在单个的牡蛎、花甲螺、菲律宾蛤仔、扇贝、溢蛏和血蛤中,存在多种原虫混合感染的现象,混合感染率为6.78%（117/1725）,其它贝类均为单一感染,感染率为93.22%（1608/1725）.调查结果还表明,中国不同海域和不同品种的牡蛎,尼氏单孢子虫和派琴虫的感染率存在明显差异.该调查结果将为中国贝类养殖原虫病的防治提供重要的科学依据.

产左聚糖枯草芽孢杆菌的突变选育及多糖产物的生物物理分析567-573

摘要：本研究对多糖产生菌株 sp.54A-42进行了16S rDNA 序列比对分析,鉴定其为枯草芽孢杆菌.对发酵所得多糖产物进行了薄层层析、高效液相色谱、红外光谱和核磁共振分析,证明发酵产物为左聚糖（茁-2,6-果聚糖）.通过紫外-LiCl 复合诱变方式选育,得到突变株 sp.Z-49,多糖产量达到16.1 g/L,比出发菌株提高了34.2%,经5次传酵实验产量稳定,为进一步研究左聚糖的发酵生产打下了良好基础.

甘蔗硫氧还蛋白基因ScTRXh1的克隆及表达特性分析574-581

摘要：硫氧还蛋白（thioredoxin, TRX）家族是一类古老的小分子蛋白,已被证明在维持生物体内氧化还原平衡、调控生物信号传导和应答多种非生物逆境胁迫中起重要作用.本研究从甘蔗（Saccharum complex）茎全长 cDNA 文库中分离克隆了一个甘蔗硫氧还蛋白 h 型基因的 cDNA 全长序列,命名为 ScTRXh1.ScTRXh1全长786 bp,5＇非翻译区长96 bp,3＇非翻译区长306 bp,开放读码框长384 bp,共编码127个氨基酸.实时荧光定量 PCR 分析表明,甘蔗中 ScTRXh1基因的表达在处理前期分别受到 ABA 的抑制和 H2O2的促进;PEG和 NaCl 胁迫处理对 ScTRXh1基因表达的影响不显著;甘蔗中 ScTRXh1基因的表达受 SA 的诱导而显著上调,其表达丰度在处理周期内维持在对照的6倍以上.以上结果表明 ScTRXh1基因参与了甘蔗对 SA、ABA和氧化胁迫等逆境因子的应答过程.甘蔗不同组织器官的定量表达结果分析表明,ScTRXh1基因在甘蔗根、茎和芽中的相对表达丰度高,分别是其在叶中的33倍、17倍和12倍以上.本研究结果为后续 TRX 基因在甘蔗抗逆相关机理研究和抗逆育种中的应用奠定了基础.

农杆菌介导DR1172基因转化拟南芥582-586

摘要：耐辐射奇球菌（D. radiodurans, DR）能在极端胁迫条件下生存,并且拥有一个独特的极端环境抗性基因组而被广泛用于研究.其中 DR1172是在耐辐射球菌中分离出的一段基因,与 LEA76家族同源,参与植物的抗旱机制.本研究利用基因工程手段以载体 pBI121为基础构建植物 DR1172-GV3103表达载体,然后利用花序浸染法将目的基因 DR1172转入模式植物拟南芥中,T2代得到50株植物,阳性为15棵,转化率为30%.该研究为探讨 DR1172基因的功能以及植物抗逆机制提供了丰富的拟南芥材料,而且对利用基因工程技术手段改良植物性状,培育出抗逆性强的植物优良品种有重要的指导价值.

微卫星序列完整性与多态性的关系587-591

摘要：微卫星或简单序列重复（SSR）是指以1~6个碱基为单位的串联重复序列.SSR 包括完整型和不完整型两种.不完整型 SSR 是指其序列中存在个别不符合基序的碱基.SSR 作为一种用途广泛的分子标记,其多态性水平越高则应用价值越大.本研究利用模式植物水稻的两个品种（籼稻93-11和粳稻日本晴）和拟南芥的两个生态型（Columbia 和 Lansberg）的基因组序列,以及稻瘟菌中245个 SSR 标记的试验结果,对 SSR 序列完整性与多态性之间的关系进行了分析.结果表明,总体上三个物种都表现为不完整型 SSR 的多态性比完整型 SSR 低,其中以稻瘟菌最为显著.水稻和拟南芥表现出相似的规律,其 SSR 序列完整性对多态性的影响都是以二核苷酸重复最为显著,而五核苷酸重复序列则基本不受影响;另外,SSR 多态性水平与序列完整程度呈正相关关系,但轻微的序列不完整一般并不会降低 SSR 的多态性,甚至在拟南芥中还提高多态性.本研究结果对 SSR 标记的开发和 SSR 进化研究提供了有用的信息,具有重要的参考价值.

尾巨桉愈伤组织诱导与再生体系的建立592-596

摘要：以尾巨桉（Eucalyptus urophyllaxE. Grandis）白化苗茎段为外植体,进行愈伤诱导和芽诱导获得不定芽,建立了生产上广泛应用的桉树优良杂交品系 DH32-29高效离体再生体系.户外采集桉树2~3年生尾巨桉 DH32-29枝条进行无性系繁殖,生根苗去除顶芽在无激素 MS＋蔗糖5%培养基上黑暗培养获得白化苗,以此白化苗茎切段3~6 mm 为外植体,在 TDZ、CPPU、Zt 和 KT 分别与 NAA 组合诱导愈伤组织形成,结果表明 TDZ 和 CPPU 的效果好,愈伤诱导率达100%;所得愈伤组织在含0.5 mg/L BAA 和0.1 mg/L NAA 芽诱导培养基上诱导不定芽的形成,CPPU 诱导的愈伤组织不定芽诱导率最高,达83.42%;诱导芽经过伸长和生根阶段形成再生植株,生根率为92.17%.本体系所用材料为无性系无菌苗,易得到大量均一的材料,具有很高的再生率,为利用现代分子育种技术对桉树的遗传改良奠定了良好的基础.

微芒藻 Micractinium sp.18A8培养条件优化及碳源对含油量的影响597-602

摘要：由海南分离得到一藻株,经18S rDNA 分子鉴定为微芒藻（Micractinium sp.18A8）.将其培养在 BG11、SE、HSM 及其相应的 S 、N、P 缺陷培养基上,测定藻株的生长速率和油脂含量.结果显示：Micractinium sp.18A8在-N、-P、-S 培养时含油量增加.其中,-N 或-S 促进细胞油脂积累明显.但-N、-P、-S 培养使微藻生长减速,藻细胞中的糖、蛋白质含量减少,光合效率下降.就生长而言,Micractinium sp.18A8在 HSM 培养基中生长最佳.外加碳源试验结果显示：SE-S 培养基中添加乙酸钠和葡萄糖,在0~30 mmol/L 乙酸钠浓度,0~50 mmol/L葡萄糖浓度的范围内,藻株生长速率、含油量以及藻细胞的光合效率都是随着碳浓度的增加而增大;但当乙酸钠浓度超过30 mmol/L,葡萄糖浓度超过50 mmol/L 时,上述指标反而降低.

ITS序列作为DNA条形码在中药鸡骨草中的应用603-608

摘要：以广西和广东的九种中药鸡骨草（Abrus cantoniensis）为材料,利用改良的 CTAB 法进行总 DNA 的提取,应用通用引物对其 rDNA 的内转录间隔区（ITS）序列进行 PCR 扩增,得到9种植物的 ITS 序列,对所得序列进行分析并申请登录到 GenBank,已获得登录号.结果表明,序列的全长为692~702 bp,其中 ITS2为211~212 bp;中药鸡骨草的混淆品小叶黑面神（Breynia vitis-idaea）和其同科同属植物相思子（Abrus precato-rius）的 ITS2序列与中药鸡骨草差异很大;用遗传距离和建立邻接树这两种方法对序列进行分析,都证明了ITS2序列可以作为豆科植物的 DNA 条形码序列;ITS2序列的种间差异为豆科植物的种间鉴别和建立比较合理的 DNA 条形码体系提供较好的依据.

青稞和大麦对NaCl胁迫的差异生理响应609-616

摘要：本研究以大麦和青稞为材料,研究了这两种植物在0~2.0%梯度 NaCl 胁迫条件下的种子萌发率、种子苗根和叶相对生长量及耐盐性相关关键内源生理指标的表型特征,为寻找和开发禾本科作物天然强抗逆种质遗传资源建立了必要的实验基础.研究结果表明,NaCl 胁迫条件下,青稞种子的的萌发抑制率显著小于大麦,当 NaCl 浓度为1.0%时,大麦种子萌发抑制率为青稞的2.45倍.在2.0% NaCl 胁迫条件下,青稞幼苗叶片相对生长量可以达到大麦的3.88倍,而种子苗在盐胁迫下根的相对生长量测定结果则显示：青稞根的相对生长量显著高于大麦.植物内源抗逆性相关生理和生化指标测定结果显示：青稞种子苗在 NaCl 胁迫5 d后,叶片组织内源丙二醛含量显著低于大麦,而相同胁迫条件下的细胞内游离脯氨酸（MDA）含量、可溶性糖含量以及超氧化物歧化酶（SOD）比活力等指标则显著高于大麦.这些实验结果证实青稞能够通过增加自身内源通用抗逆途径的效率而表现出比普通大麦显著增强的耐盐性.

基因组学与应用生物学杂志数据分析

植物PDR蛋白家族的进化分析617-623

摘要：植物多向耐药性（pleiotropic drug resistance, PDR）蛋白亚家族是 ATP 结合盒（ATP-binding cassette, ABC）蛋白家族的一员,它们参与生物体内多种物质的转运,在生物的一些重要生理过程中起关键作用.本研究采用生物信息学的方法,利用植物中已经分离的 PDR 蛋白为检索序列,在全基因组水平上搜索水稻、莱茵衣藻和小立碗藓的蛋白序列,最终确定了30个 PDR 候选蛋白,其中水稻15个,莱茵衣藻 5个,小立碗藓10个.ESTs 表达分析为其中的27个蛋白找到了表达证据.对相应蛋白的结构和基因之间的系统演化关系进行了分析,结果表明：植物的 PDR 蛋白具有高度保守的基序,并且在蛋白中的排列顺序也大致相同;该蛋白家族在低等的藻类植物中就已经发生了分化,其基本特征已经形成,在高等植物中均以物种特异的方式进行了扩增.内含子/外显子结构分析显示：低等的藻类植物中的 PDR 蛋白的内含子数目最多,暗示在小立碗藓和水稻等高等植物的进化过程中发生了内含子的丢失事件.

甘蔗叶绿体DNA微卫星在禾本科中的进化分析624-633

摘要：为开发甘蔗属内及近缘属叶绿体微卫星,或称简单重复序列（simple sequence repeat, SSR）分子标记,以甘蔗叶绿体 SSRs （chloroplast simple sequence repeats, cpSSRs）及其侧翼序列为参照,应用 BLAST 程序对18种禾本科植物进行多序列比对,分析甘蔗 cpSSR 在禾本科中的进化.结果表明,cpSSRs 及其两侧翼区域是进化过程中发生突变的热点区域,禾本科植物 cpSSRs 的数量在进化过程中处于动态变化的过程,但在亚科水平上保持动态平衡;在禾本科叶绿体基因组不同结构位置中反向重复序列（inverted repeat, IR）中的cpSSRs 在进化过程中稳定程度最高,小单拷贝（small single copy, SSC）中的 cpSSRs 稳定程度次之,大单拷贝（large single copy, LSC）中的 cpSSRs 稳定程度最低;编码区中 cpSSRs 的稳定性远远高于非编码区,非编码区为 cpSSRs 突变发生的主要区域;应用编码区 cpSSRs 信息构建系统进化树结果最为精确,在涉及亚科以上水平的进化分析时使用非编码区的 cpSSRs 信息可能会造成结果有误.

基因组学与应用生物学杂志技术专题

一种载体构建的新方法：重组融合PCR法634-639

摘要：本研究介绍一种多目的片段一步重组克隆的载体构建的新方法.该方法要求在 PCR 引物设计时,在第一个目的片段上游引物的5＇端和最后一个目的片段下游引物的5＇端各设置16 bp 与线性化目标载体末端同源的序列,再在各目的片段之间的引物上各设计25 bp 的重叠序列,以便进行融合 PCR 将多片段扩增成融合片段.此方法将融合片段与线性化骨架载体进行一步重组、转化和重组子鉴定.该方法只要求骨架载体上有一个特异性酶切位点,特别适用于插入片段中含有较多限制性酶切位点的载体构建;该方法还可以引入定点突变,可便捷构建分析启动子功能等需引入定点突变的载体;该构建方法还可以实现多基因的无缝融合构建多顺反子,在构建原核基因表达载体、叶绿体表达载体、线粒体表达载体方面有着明显优势.本研究以水稻胚乳特异性表达载体 PGt1-mGFP-pSB130为例,介绍此载体构建方法.

基因组学与应用生物学杂志评述与展望

影响创面愈合的营养因素研究进展640-643

摘要：创面难愈已成为世界难题.营养因素在创面愈合过程中发挥重要作用.本文介绍了影响创面愈合的各种营养成分的种类,归纳出主要营养成分在创面愈合不同阶段的作用及在创面愈合过程中的推荐剂量,提出研究代谢重要基因缺陷动物模型,以揭示营养因素与创面愈合的关系的分子机理及开发新的营养手段,提高创面愈合质量,实现创面功能性愈合,促进人类健康水平提升.