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基因组学与应用生物学 2012年第04期杂志 文档列表

基因组学与应用生物学杂志研究论文

“两广二号”家蚕抗病毒基因Bmlipase-1和BmSP-2克隆与原核表达320-326

摘要：本研究以优良杂交品种“两广二号”家蚕为试材，克隆了该杂交品种家蚕两个抗家蚕核型多角体病毒（BmNPV）基因：脂肪酶基因Bmlipase-1和丝氨酸蛋白酶基因BmSP-2，测序并分别与不同品种蚕的同源基因序列进行比较。结果显示，“两广二号”家蚕Bmlipase-1基因ORF长度为885bp，编码294个氨基酸，BmSP-2扩增长度为855bp，编码284个氨基酸；它们的核苷酸和推导氨基酸序列同源性皆达92％以上，Bmlipase-1更保守，同源性大于99％；“两广二号”家蚕的Bmlipase-1基因脂肪酶活化部位和BmSP-2基因酶催化三联体位点的氨基酸残基与不同品种蚕的完全相同。以上结果说明这两个抗病毒基因在蚕的遗传进化过程中高度保守，提示其可能在机体消化或者免疫防御方面起着重要生理作用。将这两个抗病毒基因在大肠杆菌BL21中进行融合表达，获得的融合Bmlipase-1和BmSP-2蛋白分子量分别为47kD和42kD左右。

水稻（Oryza sativa L．）苹果酸酶（OsNADP-ME3）基因在逆境下的表达特性研究327-332

摘要：水稻苹果酸酶（NADP-ME）是多基因家族，由3个胞质型NADP-ME和1个质体型NADP—ME构成。本研究针对水稻胞质型成员（命名为NADP-ME3）（NM001061367）进行初步的功能解析。克隆获得的NADP-ME3基因的cDNA序列全长为2240bp，其中5’非翻译区为151bp，3’非翻译区为376bp，开放读码框（ORF）长1713bp，编码570个氨基酸。为研究NADP-ME3在逆境胁迫下的表达量变化，No．hemblot检测结果显示，在NaCl、NaHCO，和PEG胁迫条件下，NADP-ME3随胁迫处理时间的不同表达量呈现不同程度的变化，推断NADP-ME3可能与非生物胁迫有应答关系，将NADP-ME3转入拟南芥中并通过观察转基因拟南芥在非生物胁迫下表型变化，发现NADP-ME3能够在一定程度上提高植物对非生物胁迫的耐受性。

十字花科黑腐病菌中转录调控因子HpaR1调控一个纤维素酶基因的表达333-340

摘要：十字花科黑腐病菌（Xcc8004）中的一个转录调控因子XC2736（npaRI）在致病过程中具有重要的作用。前期研究发现该转录调控因子可能调控胞外纤维素酶的合成。为了解HpaRI对纤维素酶的转录调控机理，本研究对HpaR1进行原核表达纯化，并与488bp的包含XC0639的启动子区DN段进行凝胶电泳迁移率试验，发现HpaR1与XC0639启动子可以发生结合。将488bp的XC0639的启动子DN段与报告基因gus融合，构建XC0639的报告质粒pGUS0639r，分别导入野生型8004菌株和缺失突变体DM2736中，分析发现在突变体背景下GUS的表达水平比野生型背景明显降低。表明HpaRl正调控XC0639的表达。构建XC0639的极性整合突变体PK0639，检测发现PK0639几乎丧失胞外纤维素酶的活力；通过功能反式互补构建的互补菌株CPK0639可以恢复纤维素酶活性。研究结果表明HpaRl通过调控纤维素酶基因XC-0639的表达来调控细胞的纤维素酶活性。本研究为更深入地了解HpaR1如何调控细菌生理生化功能奠定了基础。

大肠杆菌转录后调控蛋白CsrA的C末端具有抑制十字花科黑腐病菌胞外蛋白酶活性的功能341-348

摘要：CsrA（在有些细菌例如十字花科黑腐病菌中也称为RsmA，统称CsrA／RsmA）是一类在细菌中广泛分布而且氨基酸序列非常保守的RNA结合蛋白。研究表明，CsrA／RsmA作为转录后全局调控因子参与了包括细胞碳代谢、次生代谢、运动性、生物被膜形成以及动植物病原菌的致病过程等许多细胞过程的调控。CsrA／RsmA在不同的细菌中的生物学功能各有异同。在大肠杆菌中，CsrA的主要功能是控制细胞的碳代谢、运动性和生物被膜形成；而在十字花科黑腐病菌（Xanthomonas campestrispathovarcampe5tris，Xcc）中，CsrA的同源蛋白RsmA的主要功能除了控制碳代谢、运动性和生物被膜形成外，还控制致病性和胞外酶的产生。大肠杆菌的CsrA（CsrAEcoli）是否具有XccRsmA（RsmAXcc）的功能？为了回答这个问题，我们用大肠杆菌的csrA基因（csrAE.coli）互补Xcc的耶剃基因（rsmAXcc）的缺失突变体DM2506。结果显示，csrAE.coli能够互补DM2506的所有表型，说明csrA。瑚具有RsmAXcc的全部功能。更重要的是，我们发现，无论是瑚，叫枷突变体还是野生型菌株，导入表达CsrAE.coli扰的质粒后均导致其致胞外蛋白酶活性的严重下降，证明CsrAE.coli，以具有抑制Xcc胞外蛋白酶活性的作用。进一步的实验证实，CsrA E.coli的C末端第53～61位氨基酸残基具有抑制Xcc胞外蛋白酶活性的功能。

基因组学与应用生物学杂志研究报告

杨梅铜锌超氧化物歧化酶基因（MrCu／Zn-SOD1）的原核表达及活性鉴定349-354

摘要：为获得高表达杨梅（Morellarubra）铜锌超氧化物歧化酶（MrCu／Zn-SOD1）的工程菌，本实验采用RT-PCR技术从杨梅果实中分离扩增了MrCu／Zn．SOD1的cDNA序列（456bp），将该基因重组到原核表达载体pGEX-2T中，酶切、测序分析表明，重组质粒pGEX-MrCu/Zn-SOD1结构正确。重组质粒转化大肠杆菌BL21（DE3）进行诱导表达。IPTG诱导表达分子量约41kD融合蛋白GST．MrCu／Zn．SOD1。诱导表达后的菌体超声裂解液经谷胱甘肽亲和层析纯化，得到高纯度的GST—MrCu／Zn—SOD1。采用氯化硝基四氮唑蓝法和黄嘌呤氧化法分析其活性。结果表明，GST-MrCu／Zn-SOD1具有特异性SOD酶活性。

不同激活方法对水牛ICSI介导转基因效果的影响355-359

摘要：本研究探讨了不同激活方法对水牛ICSI介导转基因效果的影响。水牛体外成熟卵进行ICSI介导转基因（ICSI—mediatedgenetransfer。ICSI．Tr）操作后，先用5ixmol／L的离子霉素（ionomycin，Ion）激活处理5min，然后分成3组，再分别用10μg／mL放线菌酮（cycloheximide，CHX）培养5h（CHX5h组）、10μg／mLCHX培养3h后再用2mmol／L的二甲氨基嘌呤（6-DMAP）培养2h（CHX3h-DMAP2h组）或用培养液（CM）培养3h后再用2mmol／L6-DMAP培养2h（CM3h．DMAP2h组）。结果显示，CHX5h组的分裂率、早期胚胎基因表达率和囊胚发育率最高，且显著高于CM3h．DMAP2h组（66．7％比49．5％，p〈0．05；66．7％比40．0％，p〈0．01；22．2％比9．9％，p〈0．05）。ICSI18h后检查原核形成率，发现CHX5h和CHX3h．DMAP2h处理组的完整精子头百分率显著低于CM3h-DMAP2h处理组（p〈0．05），2原核（pronucleus，PN）百分率则显著提高（42．4％比23．8％，p〈0．05；44．6％比23．8％，p〈0．01）。以上结果表明，在水牛ICSI介导转基因时，Ion联合CHX较Ion联合6-DMAP激活重构胚效果好。

牛分枝杆菌CFP-10基因的表达和重组蛋白的纯化360-365

摘要：根据GenBank中牛分枝杆菌的基因序列，设计合成一对扩增CFP-10基因完整ORF的特异性引物，以pET32a（＋）为载体构建重组表达载体CFP-10／pET32a（＋）。重组表达载体转化大肠杆菌BL21（DE3），经0．9mmol／LIPTG37。C诱导3h后表达，收集菌体并裂解，裂解后上清和沉淀经SDS—PAGE分析，结果表明融合蛋白分子量分别为30kD，表达产物以可溶性存在于上清中，后经Ni．NTA吸附柱方法对目的蛋白进行纯化，经薄层凝胶扫描分析，纯化后的His融合蛋白纯度达95％，该CFP-10表达蛋白可作为体外诊断抗原，为进一步建立检测牛分枝杆菌的方法奠定基础。

人乳汁中microRNA的稳定性研究366-368

摘要：为了研究人乳汁中的microRNAs（miRNAs）在体外储存状态下的稳定性。本研究采用模拟体PbYL汁储存条件，对乳汁进行室温孵育24h，反复冻融6次，100℃孵育10min，以及模拟体内消化环境（RNA酶～T137℃孵育1h）的处理条件，通过实时荧光定量PCR（qRT．PCR）方法检测处理前后乳汁中9个内源性免疫相关和1个外源性人工合成miRNA的相对表达量变化差异。研究结果显示：处理前后乳汁中内源性miRNAs和外源性miRNA均显著性降解（p〈0．01）。内源性miRNAs降解为初始量的25％～70％之间，而外源性miRNA则急剧降解至初始量的0．06％～0．96％。我们的实验表明人乳汁中内源性的miRNAs较外源性miRNAs在体外不同环境下具有更强的稳定性。

濒危黑颈长尾雉圈养种群的RAPD遗传多样性分析369-373

摘要：运用RAPD技术对黑颈长尾雉圈养种群的遗传多样性进行了分析。从50条随机引物中筛选出14条引物，对24个个体的基因组DNA进行了PCR扩增，从检测出的119个位点中有98个多态位点，占总位点的82．35％，标记的分子量大小范围是0．2～3kb。24个个体问的遗传距离幅度0．1597～0．4874，平均是0．2810；用软件NTsys2．10e构建了24个个体相互关系的分支图，24个个体可分为3个类群。实验表明：黑颈长尾雉圈养种群的遗传多样性水平较高，圈养种群内遗传差异性较大。

鲮微卫星DNA分子标记的筛选与遗传多样性分析374-380

摘要：采用磁珠富集法对已建立的生长较快的西江段野生浅色鲮群体的极大、极小群体各31尾基因组DNA进行了微卫星序列的筛选，128个阳性克隆成功测序93个，其中80个为的微卫星序列，微卫星序列完美型占85％，非完美型占6．25％，混合型占8．75％。利用微卫星序列合成了23对微卫星引物，扩增结果表明，等位基因数为1～10个，扩增片段大小为92～283bp，其中14对引物扩增条带清晰，为中度或高度多态位点，极大、极小群体的平均有效等位基因数和平均多态信息含量分别为3．0784、3．2079和0．5675、0．5974，反映出2个群体遗传多样性均较丰富；高度多态性引物4的位点b，片段大小为119bp，在极大群体中出现频率为61．3％，在极小群体占22．6％，出现频率极大群体高于极小群体近3倍，初步可作为候选差异性分子标记。

人工养殖大鲵全长与体重关系的回归分析381-384

摘要：大鲵（Andrias dayidianus）隶属两栖纲，有尾目，隐鳃鲵科，大鲵属，为我国特有的珍稀濒危两栖动物。目前在我国一些主要历史分布区掀起了一股大鲵养殖高潮，但是对当前养殖效果缺乏成熟的评价手段，因此本研究通过对陕西省汉中市和安康市两大鲵养殖场养殖的1530尾大鲵的体重和全长进行实际测量，利用SPSS分析软件对数据进行了回归分析。结果表明，体重与全长之间存在极显著的相关关系，体重与全长之间的关系主要表现为幂函数关系，其关系式为：Y=0．010 X2.867。本研究的顺利完成，为今后评价大鲵的人工养殖效果提供了科学的方法。

黄连木雌雄株叶水溶性酚类物质和两种氧化酶活性的比较385-388

摘要：黄连木为雌雄异株植物。为探索鉴别黄连木幼苗性别的方法，应用比色法对其雌雄株不同发育阶段叶片中水溶性酚类物质的含量、过氧化物酶（POD）活性和多酚氧化酶（PPO）相对活性进行测定和比较分析，结果表明：不同性别的黄连木叶片水溶性酚类物质含量存在极显著的差异（P〈0．01）；POD、PPO相对活性在雌雄株问也存在显著差异，特别在老叶中则存在极显著差异，认为黄连木雌雄株老叶中的水溶性酚类物质含量差异，可以作为其性别鉴定的依据，为进一步研究黄连木植株早期性别鉴定提供参考。

利用植物悬浮培养细胞进行蛋白质快速定位分析的方法389-393

摘要：稳定遗传表达分析是一种植物中常用的整体解析基因的方式。有多种转化方式可供选择，也可根据所需要的获得的转基因植物材料选择受体材料。但是由于稳定遗传转化周期较长且大部分材料不适合于进行荧光观察，所以在一些基因的研究中逐渐被瞬时表达分析系统。虽然瞬时表达分析用时短，但是转化效率受到多方面的限制，转化材料无法保存。目前由于植物悬浮培养细胞材料均一，增殖迅速并且可以满足大批量研究需求逐渐成为植物研究中的热点材料。以此同时，在亚细胞定位方面，悬浮培养细胞还是良好的应用材料。采用农杆菌介导法进行植物悬浮培养细胞的转化中方法较为成熟，但是获得纯净的转基因细胞系的转化周期较长。在本研究中针对上述问题我们建立了一种转化时间短，转化效率高的植物悬浮培养细胞稳定遗传转化体系。同时将这个体系应用到基因的亚细胞定位当中进行蛋白质快速定位分析。

基因组学与应用生物学杂志数据分析

茎瘤固氮根瘤菌Azorhizobium caulinodansORS571基因组分泌蛋白的生物信息学分析394-400

摘要：为了获取茎瘤固氮根瘤菌（AzorhizobiumcaulinodansORS571）的分泌蛋白，以便更深入地了解该菌的共生固氮作用，本研究采用SignalP、TMHMM、PSORTb、TargetP、LipoP、TatP和SecretomeP软件对该菌全部4717个蛋白序列进行分析预测。结果共识别了653个分泌蛋白，其中具有分泌型信号肽的蛋白54个，具有RR—motif型信号肽的蛋白1个，具有脂蛋白信号肽的蛋白2个和非经典分泌蛋白596个。该菌含信号肽分泌蛋白仅占全部蛋白的1．2％，低于其它固氮菌。在分泌蛋白中识别了核酸内切酶和核糖核酸酶等6个核酸酶。它们可能参与宿主植物遗传物质的降解，干扰宿主遗传代谢，进一步在宿主植物侵染过程中起到重要作用。此外还识别了超氧化物歧化酶、过氧化氢酶和谷胱甘肽S-转移酶等4个抗氧化酶。它们可能参与活性氧的清除以保护固氮酶，是该菌固氮过程的重要参与者。

基因组学与应用生物学杂志评述与展望

致病菌基因组岛的研究进展401-405

摘要：细菌基因组岛是细菌基因组上的特定区域，和水平基因转移相关，具有一定的结构特点，常携带致病、耐药及与适应性等功能相关的基因。通过基因组岛在细菌间的移动，可以造成相关基因在细菌间的传播，在细菌生存和致病等过程中具有重要作用。目前已经可通过生物信息和分子生物学实验等方法对基因组岛进行预测和验证。通过对致病菌基因组岛的研究，可以阐释细菌致病性和耐药等重要功能的获得，对疾病进行溯源，在传染病预防控制中具有重要意义。

铜绿假单胞菌生物降解特性的研究进展406-414

摘要：近年来在环境污染物的生物降解研究方面有了很大进展。铜绿假单胞菌（Pseudomon aslugtrlosa，PA）作为重要的降解菌株之一，具有较强的降解能力，可降解物质种类广泛，在环境污染物的生物降解中具有重要作用并占据重要地位。本文综述了PA的降解特性、代谢途径、遗传基础与酶系及促降解物质在生物降解方面的研究进展。

基因组学与应用生物学 作者投稿指南I0006-I0007

摘要：1刊登范围 本刊主要刊登现代生物技术的前沿学科和基础学科如基因组学、分子细胞遗传学、生化与分子生物学和应用生物学等相关的原始研究成果。刊登植物、动物及微生物领域的生物在组织、器官、细胞、染色体、蛋白质、基因、酶和发酵工程等不同水平上的现代生物技术等基础与应用基础研究的成果。

基因组学与应用生物学 论文编写指南I0008-I0009

摘要：一、栏目设置与文体风格 本刊设置固定栏目和随机栏目。固定栏目常设研究论文（Articles）和研究报告（Research Report），发表最新的原始研究成果。随机栏目根据稿源可能设研究资源（Resources）、数据分析（Analysis）、技术主题crechnologyfeature）和评述与展望（Reviewsand Progress）等栏目，还可能设置刊登有关科学新闻、科技简讯、专利、短评和书评等方面的栏目。