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基因组学与应用生物学 2011年第03期杂志 文档列表

基因组学与应用生物学杂志研究论文

胡杨果糖-1,6-二磷酸醛羧酶基因PeALD的克隆及耐盐性分析257-267

摘要：胡杨（Populus euphratica Oliv）是优良的抗逆树种,有很强的耐盐碱性。前期胡杨转录组研究结果显示盐胁迫可诱导果糖-1,6-二磷酸醛羧酶基因（PeALD）转录上调,提示该基因可能对胡杨耐盐性方面有某种贡献。为分析PeALD基因在胡杨耐盐性中的作用,本研究以胡杨为材料,利用RT-PCR方法克隆了胡杨果糖-1,6-二磷酸醛羧酶基因的全长cDNA,通过基因转化法尝试在烟草中过量表达该基因,并对转基因株系的耐盐性进行初步分析。研究结果显示,克隆的cDNA编码果糖-1,6-二磷酸醛羧酶,ORF为1177bp,是由247个氨基酸编码的疏水性蛋白,理论等电点为6.84,分子量为26.79kD。PCR与RT-PCR检测结果表明,外源的PeALD基因通过转化已经整合到烟草的染色体中,并在4个株系中得到较强的表达。转化株系表型筛选实验表明,在200mmol/L NaCl的MS培养基中培养15d后,野生型烟草植株无明显高生长,叶片全部黄化并萎缩;而转基因烟草高生长基本没有受到抑制,植株生长良好。说明在烟草中过表达PeALD使转化植株的耐盐性显著提高。光合数据结果显示,ALD基因能够降低盐胁迫对烟草叶片净光合速率的影响,可能是PeALD过表达加速了卡尔文循环的运转,提高了CO2的固定速率,进而促进了光合活性,通过光合作用促进碳的积累,利于呼吸作用和氧化磷酸化产生ATP,为维持跨膜质子浓度梯度提供能量,从而有可能促进质膜上的Na＋/H＋逆向转运,利于细胞质膜保持拒盐性。这些结果初步验证了PeALD基因的耐盐性功能,为进一步深入研究该基因在耐盐机制中的作用奠定了良好基础。

基因组学与应用生物学杂志研究报告

Scriptaid处理可提高近交系五指山猪克隆胚胎的发育能力和克隆效率268-273

摘要：为探讨一种新型低毒的组蛋白去乙酰化酶抑制剂Scriptaid处理克隆胚胎时对其发育能力和克隆效率的影响,本研究以近交系五指山小型猪胎儿成纤维细胞为供体细胞进行体细胞核移植构建重构胚胎,重构胚胎激活后培养在添加Scriptaid不同浓度（0～300nmol/L）的胚胎培养液中培养不同的时间（0～36h）,观察克隆胚胎的卵裂率和囊胚率,评价克隆胚胎体外的发育能力。实验结果发现100nmol/L Scriptaid处理24h组克隆胚胎的囊胚发育率（30.4%）较对照组（17.5%）显著提高,P〈0.05。将100nmol/L Scriptaid处理24h组克隆胚胎和对照组胚胎分别移植到4头受体母猪中,进一步观察其体内的发育能力。处理组克隆胚胎的受体在平均窝产仔数和克隆效率（分别为5头,2.4%）均显著高于对照组（分别为1.5头,0.7%）,P〈0.05。以上结果表明,100nmol/L Scriptaid处理24h近交系五指山小型猪克隆胚胎,有利于提高克隆胚胎的发育能力和克隆效率。

基因组学与应用生物学杂志科学新闻

猪干细胞移植：一种新的视网膜干细胞移植模型273-273

摘要：视网膜是眼睛内表面周围的光敏感组织，其外层是由视感细胞以及转换光信号的锥感光细胞组成。传统的视网膜移植研究主要集中在小鼠及其它啮齿类动物上，但是，鼠的视网膜组织主要由视感细胞组成，这和人类的眼睛组成的不同。

基因组学与应用生物学杂志研究报告

两个对浓核病毒（镇江株）具感性差异的家蚕品种的血液和围食膜蛋白的比较274-281

摘要：家蚕品种间对浓核病毒（镇江株）具有不同的感染性,为了进一步探明家蚕对浓核病毒（镇江株）感性差异的分子机制,本文运用蛋白质电泳和质谱技术比较分析了两个对家蚕浓核病毒（镇江株）感性和抗性的近等基因系家蚕品种JS和NIL的血液和围食膜组织蛋白。结果表明：这两个家蚕品种的血液和围食膜组织蛋白组成差异很小。在血液组织蛋白中发现5个差异蛋白点,其中家蚕品种JS血液中有两个差异蛋白,可能分别为酪蛋白激酶和新型组织蛋白;在NIL血液组织中发现3个差异蛋白点,其中两个可能分别为线粒体延伸因子和类丝氨酸蛋白酶,另外1个的含量极显著高于JS,为血淋巴蛋白。在围食膜蛋白中共发现4个差异蛋白点,其中JS围食膜中有1个差异蛋白可能为新型组织蛋白;其余3个蛋白点在含量上相互间存在显著差异。本研究根据组织差异蛋白的功能初步推测家蚕对浓核病毒（镇江株）感性差异与血液蛋白差异无显著相关,与围食膜蛋白差异可能有关。

基因组学与应用生物学杂志科学新闻

可吐具蚕/蛛丝性能的转基因家蚕281-281

摘要：据美国物理学家组织网（PhysOrg.com）报道,美国的一组研究人员日前宣称,他们成功培育出了一种转基因家蚕,其能生产出含有蛛丝蛋白的蚕丝纤维,比天然蚕丝具有更好的强度和柔韧性,可在纺织、医疗甚至军事等领域发挥重要作用。

基因组学与应用生物学杂志研究报告

湖南湖北两省H_6亚型禽流感病毒表面基因的序列分析282-287

摘要：2008年至2009年间,在湖南和湖北两省的活禽市场中分离到了14株H6亚型禽流感病毒,为了解这14株病毒之间的分子特征和差异,我们运用PCR和测序鉴定对这14株病毒的NA基因进行了分型,并对其表面基因HA和NA进行序列测定及序列分析。14株H6亚型病毒中,H6N2亚型12株,H6N6亚型2株。序列测定和进化分析结果显示：DK/HN/284的HA基因与其它13株的HA差异性较大,差异性达到19.4%～20.2%,其余13株毒同源性在94.2%～99.9%;N2亚型NA基因的同源性在91.1%～99.9%,差异性比较大;两株N6亚型NA基因同源性为89.5%,差异明显。这些数据表明：不同毒株呈现一定的地域性差异。与我国周边其它地区的H6亚型禽流感毒株序列进行比较发现,只有DK/HN/284的HA基因与香港早期的毒株可能有着共同的来源,其余都与香港和韩国等的毒株有着较大的差异性,并且各个毒株的HA基因上潜在的糖基化位点和受体结合位点也有所不同,这些数据表明,这些毒株表现出明显的异源性。

斜带石斑鱼MyD88基因的克隆与表达288-295

摘要：本研究运用RACE-PCR技术获得斜带石斑鱼（Epinephelus coioides）髓样分化因子88（myeloid differentiation factor 88,MyD88）基因,并对该基因进行生物信息学和表达模式分析。研究结果表明1795bp的cDNA全长序列,包括ORF 870 bp、5＇UTR 243 bp和3＇UTR 682 bp,3＇UTR存在1个多聚腺苷酸加尾信号（AATAAA）和两个mRNA不稳定基序（ATTTA）。SMART软件预测该蛋白N端和C端分别存在死亡结构域和TIR结构域（Toll/IL-1 receptor homology domain,TIR）;与其它脊椎动物MyD88的序列同一性达57.1%～78.7%;用NJ法构建的系统进化树中,斜带石斑鱼MyD88和其它已报导的鱼类MyD88聚为一枝。qPCR检测结果显示MyD88基因mRNA主要表达于肝脏、脾脏、头肾和胸腺等组织。本研究为进一步探讨MyD88在斜带石斑鱼TLR信号传导中的作用奠定基础。

草鱼cyclin G1基因的克隆、鉴定及适应性进化分析296-302

摘要：本研究从草鱼（Ctenopharyngodon idellus）肝肾cDNA文库中克隆到草鱼cyclin G1基因。测序结果表明,草鱼cyclin G1全长cDNA为2118bp,使用ORF finder推译其开放阅读框为第256bp～第1155bp,编码299个aa,SMART在线软件预测其中N端第57个aa～第143个aa为细胞周期蛋白盒。同源性比对分析显示cyclin G1在鱼类中同源性极高,其中草鱼cyclin G1与斑马鱼的同源性为90%。通过PAML软件的密码子替换模型进行适应性进化分析,结果表明cyclin G1编码蛋白的26A、171A和225K氨基酸位点受到正选择作用。本研究为进一步了解草鱼cyclin G1结构功能与分子演化打下基础。

基因组学与应用生物学杂志科学新闻

科学家对鸟类进行研究发现动物也具有性格302-302

摘要：一个人的性格可能对他们的生活有很大的影响。一些人非常友善、慷慨,而另一些人在发现新压力的情况下,可能做出不利于别人健康和幸福的事情。越来越多的科学家发现在动物中也具有类似的性格区别。

基因组学与应用生物学杂志研究报告

可溶性淀粉合成酶SSⅢ基因对马铃薯的遗传转化303-307

摘要：马铃薯是淀粉生产中重要的农作物之一,而可溶性淀粉合成酶SSⅢ是可溶性淀粉合成酶的主要活性成分,通过基因工程的手段来研究SSⅢ基因在淀粉合成中的功能可以用于改良马铃薯淀粉的品质。本研究采用根癌农杆菌介导法将强组成型表达启动子CaMV35S驱动的可溶性淀粉合成酶SSⅢ基因的RNA干扰表达载体导入马铃薯栽培品种克新1号和克新4号中,获得了65株卡那霉素抗性植株。对抗性植株PCR检测结果表明,SSⅢ基因的干扰片段已整合到马铃薯基因组中,RT-PCR检测表明SSⅢ基因在转录水平上受到了明显抑制。该研究为马铃薯淀粉品质的改良奠定了基础。

一个新的犬丙型肝炎病毒CHV的发现307-307

摘要：全世界约有2亿人被丙型肝炎病毒（hepatitis C virus,HCV）感染,受该病毒感染的患者若缺乏治疗,将有可能逐渐发展成肝硬化和肝癌等终末期肝病。据估计,中国内地的丙型肝炎患者数也接近四千万。

板栗疫病菌绿色荧光与红色荧光蛋白共定位载体的构建308-315

摘要：低毒病毒-板栗疫病菌组合是研究病毒与宿主相互作用的一个优秀的模式系统。我们构建了含绿色荧光蛋白基因gfp的载体pCPXHY2GFP与含红色荧光蛋白基因rfp的载体pCPXG418RFP,并用于转化野生型菌株EP155,获得了以潮霉素为筛选标记、表达绿色荧光蛋白的转化株pCPXHY2GFP/EP155和以G418为筛选标记、表达红色荧光蛋白的转化株pCPXG418RFP/EP155。将载体pCPXG418RFP转化pCPXHY2GFP/EP155,获得的转化株能观察到绿色荧光蛋白与红色荧光蛋白共定位的现象。板栗疫病菌绿色荧光与红色荧光共定位载体pCPXHY2GFP与pCPXG418RFP的构建,为深入研究病毒与宿主相互作用的分子机制提供了强有力的研究材料。

香蕉MaROP1基因表达产物的亚细胞定位316-321

摘要：植物类Rho相关G蛋白（Rho-related GTPases from plants,ROP）属于小G蛋白超家族,是高等植物体内广泛存在的一类重要信号分子,在植物生长发育过程中起着关键的调控作用。本实验室从香蕉果实采后抑制差减杂交文库中获得一个香蕉ROP基因,命名为MaROP1。半定量RT-PCR表明该基因在香蕉的根、球茎、叶、花和果实中的表达存在差异,其中在球茎中的表达量最高且与其它器官的表达差异显著。为进一步研究该基因的功能,构建了以绿色荧光蛋白（green fluorescent protein,GFP）为报告基因的融合植物表达载体pCAMBIA1302-MaROP1,并利用基因枪转化法将重组载体转入洋葱表皮细胞瞬时表达,荧光显微镜检测表明该基因表达产物定位在细胞膜上。

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香蕉皮作为净水器重获新生321-321

摘要：由于香蕉皮具有惊人的利用价值,能够作为银饰、皮衣皮鞋以及室内植物叶子的清洁剂、其丰富的矿物质能促进兰花等植物的生长、催熟果实并且还具有很高的医用价值。

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3种棱型大麦中脱水素6（DHN6）的性质、突变位点与蛋白质进化分析322-329

摘要：脱水素（dehydrins,DHNs）是高等植物胚胎发育晚期产生的一类特异多肽,能够逆转细胞脱水所造成的伤害。为明确脱水素性质与功能的关系,本研究从3种棱型大麦分离到Dhn6基因,生物信息学分析其编码的蛋白质序列长度分别为523个（六棱）、502个（四棱）和486个（二棱）氨基酸残基;氨基酸突变位点分析发现该基因具有整体保守性和突变位点偏倚性。蛋白质性质与二级结构分析表明,DHN6是高度亲水的碱性蛋白质,线性结构和自由卷曲为二级结构的主要组分,K-片段参与α-螺旋结构的形成,由此推测DHN6的兼性α-螺旋结构域在稳定膜结构的水合保护体系过程中发挥着重要的生理功能。构建的21个物种DHN6蛋白质系统发生树,发现禾本科植物遗传距离较近,结合核苷酸序列的物种特异性,本研究认为Dhn6基因可作为物种鉴定依据。

3种大蒜中洋葱黄矮病毒的RT-PCR分子鉴定330-335

摘要：洋葱黄矮病毒（Onion yellow dwarf virus,OYDV）是危害大蒜产量和品质的主要病毒之一。快速有效的病毒检测方法可为大蒜病毒病的研究和有效防御提供理论与技术资料。本研究利用反转录-聚合酶链式反应（RT-PCR）技术对甘肃＂成县迟蒜＂和山东＂鲁蒜王2号＂中OYDV外壳蛋白基因进行特异性扩增,并克隆到载体PMD18-TEasy Vector上进行核苷酸序列测定及分析。成功分离得到OYDV的两个DN段——GSCCS和SDLSW2,与GenBank中已报道的AB000837.1、AB000838.1和AJ409311.1等22个OYDV DN段的核苷酸相似性分别为81%～98%和81%～84%,氨基酸相似性分别为85%～99%和89%～94%,二者之间核苷酸相似性为84%,氨基酸相似性为89%。系统进化树显示不同DN段可聚为3个组群,GSCCS与中国山东金乡OYDV DN段同属一组,SDLSW2与其它16个OYDV DN段同属一组,表明OYDV在甘肃＂成县迟蒜＂和山东＂鲁蒜王2号＂中均存在,但具有一定差异。本实验确定了OYDV的基因变异程度,为进一步研究病毒进化和变异提供了有利条件。

基因组学与应用生物学杂志科学新闻

瓜农与南瓜黄色矮化失调病毒（CYSDV）的交战335-335

摘要：南瓜黄色矮化失调病毒（cucurbit yellow stunting disorder virus,CYSDV）是一类由粉虱传播的病毒,最初来自于中东。美国农业研究服务中心（ARS）植物病理学家Wintermantel及其同事于2006年秋在加利福利亚、亚利桑那、索诺拉以及墨西哥的瓜类生产地区发现并鉴定出CYSDV，

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一株苯酚降解菌的筛选、鉴定及其降解特性336-341

摘要：本研究采用逐量分批驯化的方法,从造纸废水中分离得到一株能够以苯酚为唯一碳源生长的苯酚降解菌株F5-1。经形态观察、生理生化特性鉴定及16S rDNA序列分析,将该菌株鉴定为克雷伯菌（Klebsiella sp.）。该菌株能够在7h时完全降解初始浓度为100mg/L的苯酚,降解苯酚主要发生在生长对数期;在pH5.0～9.0,NaCl浓度0～80g/L,温度20～40℃范围内,菌株F5-1均可有效降解初始浓度为100～1200mg/L的苯酚;能够耐受的最大苯酚浓度为1500mg/L。本研究结果表明,F5-1菌株对处理环境条件复杂的含酚废水具有潜在的应用前景。