基因组学与应用生物学杂志 北大期刊 CSCD期刊 统计源期刊

基因组学与应用生物学 2010年第02期杂志 文档列表

基因组学与应用生物学杂志本刊评论

表观基因组时代203-205

摘要：DNA双螺旋结构的发现和重组DNA技术、PCR技术的产生极大的促进了分子遗传学的发展。几十年来，DNA一直被认为是决定生命遗传信息的主要物质。但是，大量的事实表明，生命遗传信息从来就不是基因所能完全决定的。例如，同卵双生的双胞胎具有完全相同的基因组，在相同的环境下长大后，他们在性格、健康等方面都会有较大的差异，这并不符合经典遗传学理论预期的情况，让人产生疑问；

基因组学与应用生物学杂志研究论文

青花菜ProDH基因的克隆及功能鉴定206-214

摘要：脯氨酸是水分胁迫植物中最常见的渗透保护物质之一，脯氨酸脱氢酶（ProDH）是存在于线粒体内的催化脯氨酸降解的关键酶，构建RNAi表达载体转化青花菜可以抑制脯氨酸分解提高其抵抗干旱胁迫和盐胁迫的能力。本研究利用同源重组和RACE技术克隆青花菜脯氨酸脱氢酶基N（ProDH），以酶切、连接的方法利用载体pFGC1008构建植物RNAi表达载体pFGC—PDHi。序列分析表明，本文首次克隆了1595bp的青花菜脯氨酸脱氢酶基因cDNA全长，该序列编码498个氨基酸；序列比对发现该核酸序列与拟南芥、甘蓝型油菜、芜菁分别有83．26％、89．07％和97．73％的同源性，其氨基酸序列和拟南芥、甘蓝型油菜、芜菁分别有89．78％、91．38％和98．80％的同源性。测序和酶切鉴定表明青花菜ProDH基因RNA干扰表达载体已经构建成功，并将其转化青花菜得到转化株，经PCR检测，转化株均为阳性株，证明干扰载体的T-DNA区已经成功地整合到了青花菜基因组中。研究还发现在外源的L-脯氨酸存在时，转化株的脯氨酸脱氢酶的活件受到了明显的抑制。本研究为青花菜的抗旱育种提供了非常有价佰的新种质材料。

甘蓝型油菜SAMDC3基因及其启动子的克隆与分析215-224

摘要：S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶（SAMDC）是植物体内亚精胺和精胺前体物质形成的关键酶。本研究克隆了甘蓝型油菜（Brassica napus）BnSA MDC3基因家族2个成员的全长cDNA和启动子序列，并对其诱导表达特性进行了鉴定。BnSAMDC3—1（GenBank accession No．HM013966）和BnSAMDC3—2（GenBankac．cession No．HM013967）的全长cDNA分别为1746bp和1754bp，开放阅读框（ORF）长度分别为1101bp和1104bp，在大ORF上游132bp处均包含一个171bp的小ORF。BnSAMDC3基因在叶片中表达量较高，受高温和干旱抑制。6-BA、GA，和SA抑制BnSAMDC3—1的表达，而GA，和甘露醇诱导BnSAMDC3—2表达上调。BnSAMDC3基因启动子具有多个与胁迫和激素诱导相关的顺势调控元件，表明BnSAMDC3可能通过ABA、6-BA和SA信号途径介导植物对非生物胁迫的响应。本研究将有助于进一步探讨甘蓝型油菜抗逆的分子机理，为甘蓝型油菜的栽培和品质改良奠定基础。

基因组学与应用生物学杂志科学新闻

国际马铃薯中心着力应对全球气候变暖224-224

摘要：面对中亚和西南亚的气候变化，来自国际马铃薯中心（CIP）的铃薯材料有助于农民加强粮食和收入保障。国际马铃薯中心（CIP）一个为期3年的项目，已经培育出高产量的马铃薯品种，并经过测试，可以更好地适应如塔吉克斯坦、乌兹别克斯坦、印度和孟加拉国等国家的干旱和高温。目前，至少有20万农户从该项目中受益，给农民带来可靠的收成，同时，也给消费者带来更稳定的价格。

基因组学与应用生物学杂志研究报告

高羊茅甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因FaGAPDH的克隆与分析225-232

摘要：以高羊茅茎基部与叶基部的mRNA为模板，引用基于多年生黑麦草GAPDH基因序列设计的引物，进行RT-PCR分析，同时结合3＇RACE和5＇RACE方法从高羊茅中扩增出两个GAPDH基因，命名为Fa-GAPDH1（GQ480772）与FaG4PDH2（GQ480773）。两序列cDNA全长分别为1281bp和1348bp，具有完整的开放阅读框（ORF，FaGAPDHI：74～1087bp；FaGAPDH2：106～1119bp），编码蛋白都为337个氨基酸。保守结构域功能分析表明两基因编码的蛋白质都具有典型的Rossman—NAD连接折叠和C-末端结构域。FaGAPDH1和FaGAPDH2蛋白与禾本科植物的该基因蛋白产物比较发现氨基酸序列的同源性都在90％以上，说明两基因具有高度的保守性。

棉花PEPC基因种子特异性ihpRNA表达载体的构建及鉴定233-238

摘要：磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶（phosphoenolpyruvate carboxylase，PEPC）是控制植物体中蛋白质和脂肪酸含量比例的关键酶。本研究从棉花中克隆得到船PC基因，长度为433bp，并将该基因的正反义片段分别和种子特异性启动子napin启动子（1123bp）、α球蛋白B基因启动子（1149bp）连接，插入到植物表达载体pCADS1341中。经酶切和PCR鉴定，成功的构建了PEPC基因的种子特异性ihpRNA表达载体pCADSNPSPA和pCADSBPSPA，为后期高含油量棉花材料的选育打下了基础。

毛白杨PtSEP3-1基因启动子的克隆分析及其表达载体构建239-244

摘要：SEP（SEPALLATA）类基因属于花器官发育ABCDE模型中的E类基因，拟南芥中的研究表明该类基因可能具有控制花器官形态发育以及激活其它类型基因的功能，是一类花发育过程中的关键基因。因此，研究杨树SEP类基因启动子表达特性对于杨树的开花调控研究具有重要意义。本文根据毛白杨SEP3基因和毛果杨基因组序列设计引物，通过PCR获得了PtSEP3-1，基因上游2000bp的序列。序列分析结果表明该序列具有启动子的基本元件TATA—box和CAAT-box，还包含大量光响应元件ACE、BoxI和Box4等，此外还有脱落酸响应元件ABRE，赤霉素响应元件GARE—motif以及胁迫响应元件HSE、TC—richrepeats等。进一步构建了一个以PtSEP3-1启动子驱动GUS基因的植物表达载体pPtSEP3-1，protest，为该启动子的功能鉴定奠定了基础。

基因组学与应用生物学杂志科学新闻

中丹科学家完成古人类全基因组测序244-244

摘要：由中国深圳华大基因研究院和丹麦哥本哈根大学联合创建的中丹基因组联合中心以Saqqaq古人为样本，完成了世界首例古人类全基因组的深度序列测定和解读。这一历史性成果以封面故事发表在2010年2月11日出版的科学期刊《Nature》上。

基因组学与应用生物学杂志研究报告

洋葱伯克霍尔德氏菌CAS19嗜铁素合成相关基因cepR的克隆及生物信息分析245-251

摘要：本研究采用PCR方法克隆了洋葱伯克霍尔德氏菌CAS19嗜铁素合成相关基因cepR，并对cepR基因编码蛋白的结构和功能进行生物信息学分析和预测。同源性分析表明，CAS19的cepR核苷酸序列与Burkholderiacepacia LMG1222cepR基因的同源性为99％；cepR基因全长768bp，包含一个完整的231bp的开放阅读框架，编码239个氨基酸；该基因编码蛋白分子量为26．59kD，理论的等电点为5．55，含有一个LuxR型HTH结构域，在氨基酸残基的不同区域分布有酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、蛋白激酶C磷酸化位点、酪氨酸激酶磷酸化位点、N-肉豆蔻酰化位点和N-糖基化位点，还有一个明显的跨膜结构。本研究结果将为洋葱伯克霍尔德氏菌嗜铁素合成相关研究提供调控基因信息和参考依据，并为其进一步开发和利用奠定基础。

马氏珠母贝4个壳色选育系F1遗传结构的AFLP分析252-258

摘要：本研究从湛江流沙港马氏珠母贝养殖群体中挑选不同壳色个体为亲本，共构建了黑（BS）、红（RS）、黄（YS）和白壳色（WS）4个壳色选系F1，然后分别在4个壳色选育系F，中随机取样，利用3对AFLP引物分析其遗传结构与遗传分化。结果表明，每对引物的扩增位点数在104～109之间，共得到331个扩增位点；BS、RS、YS和WS壳色选系F1的多态位点比例分别为49．2％、49．5％、51．6％和63．4％，Shannon’s多样性指数分别为0．1884、0．1886、0．1896和0．1954，4个壳色选育系F1的遗传分化系数（Fst）为0．1972。本研究说明经过一代壳色纯化4个壳色选育系F1出现显著遗传分化，也为马氏珠母贝壳色系选育或选育系间杂交提供了参考依据。

基因组学与应用生物学杂志科学新闻

利用植物生产西尼罗河病毒抗体258-258

摘要：西尼罗河病毒（West Nile virus，WNV）通常是由鸟类携带，经蚊子传播给人类。病毒感染者主要有发烧、肌肉疼痛等类似感冒的症状，其中有小部分人会出现脑炎和脊髓炎。常见于美国的48个州以及北、南美的温带区域。大多数人在感染病毒后会出现头疼等类似感冒的症状，但老人、慢性病患者和免疫力低的人会并发脑炎甚至导致死亡。

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四个鲤鱼种群遗传多样性的AFLP分析259-265

摘要：本文采用AFLP技术对黑龙江野鲤、黄河鲤、建鲤和荷包红鲤4个鲤鱼种群共96个个体进行了遗传多样性分析。结果显示，8对选择性扩增引物共扩增得到502个位点，其中多态性位点273个，多态性比率为54．38％。同时对4个种群的Shannon多样性指数，Nei’s基因多样性等参数进行了分析，结果表明，4个种群的Shannon多样性指数分别为0．2114±0．2705，0．1825±0．2694，0．1888±0．2587和0．1600±0．2426，Nei’s基因多样性指数分别为0．1398±0．1872，0．1225±0．1863，0．1235±0．1774和0．1036±0．1636；总基因多样性（H4）平均值为0．1721±0．0350；种群内基因多样性（Hs）平均值为0．1224±0．0190；基因分化系数（Gst）为0．2892，种群内的基因多样性占总群体的71．08％，种群间为28．92％，而基因流系数（Nm）为1．2291。另一方面，分子方差分析（AMOVA）结果表明，种群平均近交系数（Fst）为0-31191，变异31．19％来自种群间，68．81％来自种群内。4个种群中黑龙江野鲤的种内多态性比例最高，而荷包红鲤种群最低，并且4个鲤鱼种群当前的种质资源良好，具有一定的种群稳定性；建鲤已经开始分化，与亲本荷包红鲤亲缘关系逐渐分化，逐步形成自己稳定的遗传结构。本研究为探讨鲤鱼种群的遗传特性和遗传分化提供参考，也为其种质资源的保护及合理利用提供科学依据。

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MetaHIT项目组发表人肠道微生物基因目录265-265

摘要：人体内大约有100万亿个微生物，而其中大部分分布在肠道中，肠道中许多微生物是有益的，它们帮助人体处理复杂的化合物，还可以生成氨基酸和维生素，因此肠道微生物的种类和数量与身体健康有着密切关系，甚至被认为对人的生命非常关键。肠道微生物帮助人从食物中摄取能量，肠道微生物群落的变化还可能与肠道疾病或肥胖症有关。

基因组学与应用生物学杂志研究报告

鳜原种群体和养殖群体遗传多样性的微卫星分析266-272

摘要：本研究利用20对微卫星引物对鳜（Sinipelrca chuatsi）原种群体和养殖群体进行遗传多样性分析。结果表明，在鳜原种群体中检测到多态性位点14个，养殖群体11个。在两个群体中共检测到等位基因数96个，其中原种群体检测到等位基因数53个，每个位点的等位基因数在1～7之间，平均有效等位基因数为2．7390；养殖群体检测到等位基因数43个，每个位点的等位基因数在1-6之间，平均有效等位基因数为2．1284。原种群体的平均观察杂合度0．5708，Nei氏期望杂合度0．5295，平均多态信息含量PIC0．5353；养殖群体的平均观察杂合度0．3839，Nei氏期望杂合度0．4011，平均多态信息含量PIC0．5043。因此，与养殖群体相比，鳜原种群体仍有丰富的遗传多样性。本研究可为鳜种质资源的保护、监测和遗传育种提供分子水平上的数据。

8份广西产绞股蓝种质的RAPD引物筛选及其遗传多样性分析273-278

摘要：本研究的目的在于筛选合适的RAPD随机引物，应用RAPD技术对药用植物绞股蓝进行遗传多样性分析，并构建DNA指纹图谱。研究结果表明，我们利用生物信息学方法挑选出的20条引物中有19条引物的扩增条带清晰且多态性好；在清晰稳定出现的354条带中，294条具有多态性；其中有3条引物的扩增条带可清楚区分绞股蓝与混淆品种乌蔹莓，可建立其DNA指纹图谱。按UPGMA法进行聚类分析，计算其遗传相似系数，结果显示，8份绞股蓝供试材料聚为两类，聚类结果与其地理区域远近和生长环境一致。本研究中筛选出的19条引物适用于绞股蓝遗传多样性分析，且获得的DNA指纹图谱可用于鉴别绞股蓝。

小峰熊蜂工蜂蛹期发育蛋白质组分析279-287

摘要：本文采用双向凝胶电泳法对小峰熊蜂工蜂蛹期的3个发育期进行蛋白质组研究，结果表明小峰熊蜂工蜂蛹期的白眼期（A期）、褐眼期（B期）和黑眼期（C期）分别检测到77、81和59个蛋白点，特有蛋白分别为7个、6个和1个，共有蛋白为48个，A期到B期显著上调的蛋白有9个，显著下调的蛋白有3个，B期到C期显著上调的蛋白有8个，显著下调的蛋白有3个，A期到C期显著上调的蛋白有15个，显著下调的蛋白有2个。研究还发现有17个蛋白是在A期和B期表达而在C期关闭；有2个蛋白是在A期表达，B期关闭，在C期又表达。本研究初步揭示了小峰熊蜂工蜂从蛹期发育到成蜂过程中，不仅需要一些保守蛋白来调控，而目．还需要一此特异蛋白。

37份龙眼种质资源亲缘关系的ISSR分析288-292

摘要：本研究利用ISSR技术对37份龙眼种质资源进行遗传多样性检测。研究结果表明，从100条ISSR引物中筛选出7条重复性好，条带清晰的引物对37份龙眼品种基因组DNA进行扩增，共扩增出54条带，其中43条具有多态性，比率为79．6％。不同龙眼品种间遗传相似系数变幅为0．69～0．97，平均达0．83，说明ISSR标记能够揭示材料间较高的遗传多样性。UPGMA聚类结果表明，ISSR标记能将37份龙眼品种完全区分开，并能将来源于中国、越南和泰国的37份龙眼品种分别聚类到中国、越南和泰国三大品种群，说明龙眼品种资源的亲缘关系与地理因素有关，三个国家的龙眼品种之间存在较大的遗传差异。本研究结果将为为龙眼品种资源的研究利用提供参考。

猪笼草消化液中蛋白酶的活性初探293-297

摘要：为了进。步分析猪笼草瓶状体内消化液中蛋白质的性质，本研究在不同的温度和pH条件下测定消化液中蛋白酶的活性，并且比较了3种不同沉淀方法对消化液蛋白进行的浓缩，通过SDS-聚丙烯酰胺电泳对消化液蛋白作了初步分离。结果表明，猪笼草消化液中蛋白酶的最适酶活温度为50℃，且稳定性最高；当pH为5时，该蛋白酶活性出现峰值，采用氯仿-正丁醇法（5：1）沉淀浓缩猪笼草消化液蛋白样品效果最佳。聚丙烯酰胺电泳结果表明，消化液至少包括三种蛋白组分，分子量分别为24.3kD、35．1kD和61．4kD，且35．1kD条带具有抗胰蛋白酶消化活性。本研究为综合开发利用猪笼草野生资源提供理论依据。