基因组学与应用生物学杂志 北大期刊 CSCD期刊 统计源期刊

基因组学与应用生物学 2010年第01期杂志 文档列表

基因组学与应用生物学杂志研究亮点

大熊猫基因组测序和从头组装1-2

摘要：2009年12月13日出版的《Nature》杂志,刊登了由深圳华大基因研究院领衔,中国科学院昆明动物研究所、中国科学院动物研究所、成都大熊猫繁育研究基地和中国保护大熊猫研究中心等单位共同组成的研究团队在《Namre》在线版上公布了大熊猫基因组精细图谱研究成果。

基因组学与应用生物学杂志研究论文

百脉根BIO和豌豆突变位点ELE2的比较基因组定位3-9

摘要：豆科两侧对称花的花瓣具有背腹（DV）的分化以及可变的器官内部（IN）非对称性,在大小与形状上显示出不同的发育特征;因而花瓣的发育为克隆决定植物器官的形状与大小的关键基因提供了很好的实验系统。本研究对百脉根中BIO基因进行研究。百脉根bio突变体具有多效性,既影响花器官内部的对称性也影响器官的大小和育性,豌豆ele突变体的表型与bio相似。定位结果表明BIO和ELE2位于豆科基因组的共线性区段,提示BIO和ELE2可能是同源基因突变所致。本研究利用比较基因组定位方法,将BIO和ELE2候选基因锚定在豆科模式植物百脉根和蒺藜苜蓿基因组含有11个同源基因的BAC重叠群上。BIO和ELE2基因的克隆将有助于揭示豆科花瓣形态和大小调控的分子机理,进而为豆科作物遗传改良提供分子理论基础。

水稻苗期生长对缺磷响应的QTL定位10-16

摘要：缺磷是抑制全球水稻产量主要因素之一。本研究利用Asomonori（粳型）/IR24（籼型）杂交重组自交株系,对5个水稻苗期性状（相对苗高、相对根长、相对根重、相对苗重以及相对总重）在缺磷条件下的响应QTL进行定位。共检测到20个水稻苗期生长对缺磷响应的QTL位点,分别位于第1（4QTLs）、第4（4QTLs）、第5（2QTLs）、第7、第8（4QTLs）、第9（2QTLs）、第11（2QTLs）和第12号染色体上,其中13个QTLs位于与C3029C、XNpb302、C621B、C621C、R2976和C1263分子标记紧密连锁的6个基因组区域上。另外,每个性状均能从双亲中检测到正负效应QTL位点,这些能解释重组自交系群体中出现超亲和连续分布的现象。本文主要报道了水稻第5、第7和第11染色体上存在水稻苗期生长对缺磷响应的QTL位点。研究表明,该结果及其中检测到的QTLs两侧的连锁分子标记可用于水稻苗期耐低磷性分子育种。

基因组学与应用生物学杂志研究报告

微紫青霉菌（Penicillium janthinellum）P-type ATPase及金属硫蛋白相关基因的克隆17-23

摘要：本研究以高抗多种重金属盐的微紫青霉菌（Penicillium janthinellum）菌株GXCR为材料构建基因组fosmid文库。其插入片段集中在36～50kb,含13348个克隆,重组率为100%,大约覆盖了GXCR基因组的14.83倍。基于序列特异性和简并引物,利用PCR扩增分析了与酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）重金属盐抗性相关的CRS5和CUP2基因;基于兼并引物和序列特异性引物,利用PCR扩增分析了GXCR的P-type ATPase基因。通过菌落原位杂交和Southern blot鉴定了一个含铜转运P-type ATPase基因的阳性fosmid克隆,经亚克隆测序分析表明该基因与棒曲霉（Aspergillus clavatus菌株）NRRL1的P-type copper ATPase相似性达97%。没有筛选到与CRS5和CUP2基因同源的克隆,说明GXCR中可能不存在与酿酒酵母CUP2和CRS5高度同源的MT基因,同时也暗示酵母与丝状真菌的重金属盐的抗性机制有本质上的差异或者独特性。

基因组学与应用生物学杂志科学新闻

英美科学家培育出无翅蚊子助传染病防控23-23

摘要：2010年2月23日出版的美国《国家科学院院刊》（PNAS）月刊上刊登了一篇英美科学家合作发表的文章＂Female-specific flightless phenotype for mosquito control＂。

基因组学与应用生物学杂志研究报告

齿肋赤藓乙醛脱氢酶基因ALDH21的克隆与表达分析24-30

摘要：本文采用RT-PCR方法,从齿肋赤藓（Syntrichia caninervis）总RNA中获得ALDH21基因cDNA序列,连接到pMD19-T载体上并转化E.coli DH5α,阳性克隆经PCR鉴定后测序,将测序结果与GenBank中山墙藓（Tortula ruralis）和小立碗藓（Physcomitrella patens）相关基因序列进行同源性比对。结果表明,实验成功克隆了S.caninervis的ALDH21基因的cDNA序列（GenBank登录号：GQ245973）,为一个完整的ORF,其长度为1452bp。该序列与T.ruralis和P.patens的cDNA序列同源性分别为98%和78%,推导的氨基酸同源性分别为97%和87%。生物信息学分析表明该蛋白质分子量为52.98kD,等电点pI为5.96,编码483个氨基酸,具备ALDH21蛋白家族特征;半定量RT-PCR结果表明：ALDH21在干旱胁迫状态时的表达量显著高于水合状态,说明ALDH21基因可能参与干旱胁迫应答。本文为进一步研究齿肋赤藓ALDH21基因的抗旱机理提供理论依据。

基因组学与应用生物学杂志科学新闻

科学家完成古代野牛线粒体基因组全序列30-30

摘要：根据考古和遗传研究记载,家养牛是由现已灭绝的古代野牛（Bos primigenius）驯化而来,古代近东是普通牛（Bos Taurus）的起源中心。这些推论主要是通过对现代牛部分线粒体DNA序列和古代野牛样本的有限序列数据分析得来的。而近来DNA测序技术的发展,不仅为灭绝物种遗传物质的检测提供了新的机会,

基因组学与应用生物学杂志研究报告

菜心BrcuFCA基因的克隆与表达分析31-36

摘要：本文以菜心（Brassica campestris L.ssp.chinensis（L.）Makino var.utilis）为实验材料,比较了Trizol法、改进Trizol法及改良SDS法提取菜心总RNA的效果。结果表明改进Trizol法集中了操作简单、耗时短、所需试剂种类少,且完整性好,产量和纯度均高等多重优点,成为提取菜心总RNA首选方案。同时文章以甘蓝型油菜及其它物种的FCA保守区设计引物,将质量高的菜心总RNA反转录合成cDNA,通过RT-PCR从菜心的早、晚熟品种中均克隆得到与开花有关的基因片段,将之命名为BrcuFCA,片段长1001bp,GenBank登录号为EU700363,与甘蓝型油菜及拟南芥FCA氨基酸同源性分别达到了98%和82%。另一方面,本研究还利用半定量RT-PCR研究了BrcuFCA不同时空表达特性,并结合已发表的开花调控遗传途径中两个关键基因BrcuFLC和BrcuFRI时空表达特性研究结果,推测菜心主要的抽薹开花途径不是春化和FRI-依赖途径,而很可能是自主开花途径。本研究为菜心抽薹开花分子机理的研究提供理论依据。

基因组学与应用生物学杂志科学新闻

亚洲人酒后脸红是“水稻驯化”惹得祸吗？36-36

摘要：一些人在饮完酒后,脸会变红,也就是我们常说的＂酒后上脸＂（学名叫＂酒精性脸红反应＂）。研究发现,有半数亚洲人在饮酒后会出现这种反应,因此又称为＂亚洲脸红＂（Asian Flush）。

基因组学与应用生物学杂志研究报告

毛头鬼伞中一条新28S rRNA的发现及其同源性分析37-45

摘要：本研究从担子菌毛头鬼伞（Coprinus comatus）菌丝中分离获得一条新的28S rRNA序列,序列长度为906bp（GenBank accession No.GU568178）。该序列是我们前期在从毛头鬼伞中克隆一种烟草花叶病毒（TMV）的抗性蛋白基因y3时意外获得的一条非目的条带。将此获得的序列通过NCBI的BLAST,以及与其同源序列进行Clustal w和MEGA聚类分析,证实该序列是28S rRNA,同时还发现毛头鬼伞的系统进化关系比较离散。此外,在这一新28S rRNA与TMV的抗性蛋白基因y3之间发现有两个同源区段有可能是PCR扩增y3基因时出现非目的条带的原因。在这两个同源区段中,其一区段与克隆y3基因时所用的PCR引物之一有较高的相似性,另一区段也是一般PCR引物的类似物。本研究中新28S rRNA序列的获得是PCR扩增中出现非目的条带的新例,该序列的发现及聚类分析的结果有助于真菌基因组学研究及真菌生物分子分类系统的建立。

nm23-H1对全反式维甲酸诱导的人肝癌细胞凋亡及其相关信号转导通路的影响46-50

摘要：为了解nm23-H1转染对全反式维甲酸诱导的人肝癌H7721细胞凋亡的影响,本研究通过质粒转染把nm23-H1导入人肝癌7721细胞,建立了nm23-H1过表达稳转细胞株。首先采用MTT法测定细胞生长曲线,再通过流式细胞术和丫啶橙染色法观察细胞凋亡,最后采用Western blot检测凋亡相关的信号通路分子bcl-2、PKB、PKB-Ser473、PKB-Thr308和p53的表达情况。研究发现,nm23-H1转染对人肝癌7721细胞的生长没有影响;但nm23-H1转染能明显促进全反式维甲酸诱导的细胞凋亡,nm23-H1转染细胞凋亡率为18.2%,而对照细胞凋亡率仅为1.0%;nm23-H1和对照细胞的过量表达对bcl-2的表达没有明显影响,但PKB的Ser473和Thr308位的磷酸化显著下调,抑癌基因p53的表达量上调。研究结果表明,nm23-H1的过量表达增加了人肝癌细胞对全反式维甲酸诱导的凋亡的敏感性,因此推测nm23-H1可作为肝癌治疗的有效靶点。

正常生理及ISCOM疫苗免疫下小鼠乳腺Fc受体基因表达变化51-56

摘要：本研究对小鼠不同生理阶段以及免疫条件下,乳腺内FcRn基因mRNA表达量的变化进行了分析。选择100只健康昆明小白鼠分为4组,在其分娩后4d分别进行如下制剂处理：灭菌生理盐水、脂肪酶蛋白（Lipase）＋灭菌生理盐水、空免疫刺激复合物（ISCOM）、Lipase-ISCOM。分娩后8d和12d用间接ELISA法测定乳中和血清中的特异性IgG效价,用RealTimePCR检测小鼠乳腺中FcRn基因的相对表达量,而正常生理状态乳腺内FcRn基因mRNA表达量的变化分别是在分娩后1d、4d、8d和12d进行检测。结果表明：正常状态下,乳腺B2M和FCGRT基因mRNA分别在0和1d表达最高,随后表达量下降并保持在一个稳定水平。免疫条件下,乳腺B2M和FCGRT基因mRNA显著上升。由此可知,免疫刺激可以引起小鼠乳FcRn基因表达上调。

吉富罗非鱼雌雄群体遗传差异的SSR分析57-62

摘要：为探讨吉富罗非鱼（genetic improvement of farmed tilapia,GIFT）雌、雄群体间的遗传差异,本研究对部级广西南宁罗非鱼良种场雌、雄吉富罗非鱼进行了遗传差异分析。研究结果表明,选取的11对SSR引物中有10对能获得稳定的目的条带;每个SSR基因座的等位基因数在2～4个之间,雌性罗非鱼的平均等位基因（Na）2.9个,稍高于雄性的2.8个;雌、雄吉富罗非鱼平均观察杂合度（HO）分别为0.4183和0.4154,多态信息含量（PIC）分别为0.4048和0.3932,属中度多态;雌雄个体间的遗传距离和相似性指数分别为0.0908和0.9132。此外,SSR基因座PRL-SO2在雄鱼中偏离Hardy Weinberg平衡（P〈0.005）。上述结果表明,吉富罗非鱼雌、雄群体的SSR多态性基本相同,推测这两者基因组间的差异较小。

基因组学与应用生物学杂志科学新闻

科学家发现“长寿基因”可减缓记忆力减退62-62

摘要：2003年,美国叶史瓦大学阿尔伯特爱因斯坦医学院的科学家发现了一种被称作胆固醇酯转运蛋白（con-text polymorphisms in the cholesteryl ester transfer protein,CETP）基因的长寿基因,胆固醇酯转运蛋白（CETP）基因变异可以增加血液中高密度脂蛋白（HDL）水平，并大大高于平均水平，可以降低心血管疾病，但是与记忆力减退和痴呆症是否有关联还不清楚。

基因组学与应用生物学杂志研究报告

中国西南区扁穗牛鞭草种质遗传多样性的SRAP分析63-70

摘要：本研究采用SRAP标记对主要来自中国西南地区（四川,重庆,贵州和云南）的43份扁穗牛鞭草种质资源的遗传多样性进行了分析。试验筛选出了11对引物组合对43份供试材料进行扩增,共获得153条带,其中多态性条带140条,多态性条带比率为91.50%,平均每对引物扩增出条带13.91,多态性条带12.73。实验数据结果表明,43份扁穗牛鞭草材料间的遗传相似系数（GS）为0.565～0.992,平均值为0.723,表现出了丰富的遗传多样性。聚类分析结果表明,各供试材料间的聚类与其地理来源以及形态特征类型具有一定的相关性。同时,主成分分析结果能够直观的反映了各种质间的遗传关系。5个扁穗牛鞭草地理类群间的分子方差分析（AMOVA）揭示了供试的扁穗牛鞭草总遗传变异的85.99%存在于类群内,仅有14.01%的变异存在于类群之间,类群间的分化系数ΦST=0.140。本研究结果为扁穗牛鞭草种质的收集、利用及育种提供了理论依据。

海洋菌W11产中温淀粉酶的酶学特性71-74

摘要：本研究从威海文登海域筛选获得一株产淀粉酶海洋菌W11,初步鉴定为弧菌,并探讨pH、温度、无机离子对淀粉酶活性和稳定性的影响及该酶底物浓度效应和Km值。结果表明：在pH7.5左右酶活性最高,pH在4.0～7.5范围内体现较强的稳定性。最适酶解温度为55℃,酶液在60℃以下有较好的热稳定性;Ba2＋、Mn2＋对淀粉酶有激活作用,而Cu2＋、Mg2＋、Zn2＋则抑制淀粉酶活性,表观Km值为0.973mg/mL。海洋菌W11所产的中温淀粉酶保存温度范围较广、适应pH作用的范围广及稳定性较强,将有着广泛的应用潜力。

秤锤树叶片内生真菌的分离鉴定及其对植株生长的影响75-81

摘要：本研究从秤锤树叶片中分离内生菌进行分子鉴定,并接种到无菌组培苗中研究其对植株生长的影响。研究结果显示,从秤锤树叶片中共分离获得7株真菌。扩增出的6个菌株经ITS测序,在NCBI网站上进行基因序列比对,鉴定出其中5株菌株均属于球毛壳菌（Chaetomium globosum）,1株属于子囊菌（As-comycete）。进一步实验表明：分离的菌株多数对组培苗的株高生长影响不大,可初步鉴定其为内生菌,其中的属于球毛壳菌的F和H菌株对无菌苗的株高有明显的促进作用。

基因组学与应用生物学杂志科学新闻

拟南芥基因组水平组蛋白修饰与基因表达81-81

摘要：组蛋白修饰包括组蛋白磷酸化、乙酰化、甲基化、ADP-核糖基化等过程,这一修饰为相关调控蛋白提供其在组蛋白上的附着位点,改变染色质结构和活性,因此尤为重要,近年来也成为了研究热点。