基因组学与应用生物学杂志 北大期刊 CSCD期刊 统计源期刊

基因组学与应用生物学 2009年第06期杂志 文档列表

《基因组学与应用生物学》编委邀约1035-1035

摘要：作为21世纪生命科学领域最重要的前沿学科,基因组学已成为整个生命科学和生物技术的学科平台和技术平台,基因组学的发展正极大地推动着医学、农学和环境科学等应用领域的发展。

开拓奋进,服务科学1036-1036

摘要：新年的钟声敲响之际,《基因组学与应用生物学》在广大作者、读者以及编者的共同呵护下蹒跚的走过了重生2009年。一年来,我们得到来自全国

版权转让与文责声明1038-1038

摘要：投稿论文必须注明谁是通讯作者。本刊视通讯作者为投稿论文的责任作者,保证所有的作者都看过并同意稿件的内容,都同意在稿件上的署名及其排序,也同意将其

水稻PDK2基因原核表达和多克隆抗体制备1039-1042

摘要：本研究以水稻幼苗为材料,通过RT-PCR扩增得到1.1kb的编码PDK2(登录号:AK100033)基因的片段,成功构建重组表达载体pET-23d-PDK2并转化到大肠杆菌BL21(DE3)中。研究结果表明,重组蛋白以包涵体的形式存在,且PDK2的最佳表达条件为:28℃,120r/min,0.5mmol/L IPTG诱导60min。经纯化后免疫新西兰大白兔以制备PDK2多克隆抗体。Western blot检测表明该抗体的特异性和效价较好,这为进一步研究水稻PDK2的生物学功能奠定了基础。

沙冬青CBF/DREB1转录因子cDNA的克隆及序列分析1043-1048

摘要：CBF/DREB1(C-repeat binding factor/dehydration resistance element binding protein 1)是一类抗逆相关的转录因子,它们的表达可以激活下游一系列抗逆应答基因的表达,从而提高植株的抗逆性。沙冬青(Ammopiptanthus mongolicus)主要生长在中国西北荒漠和半荒漠地带,是典型的旱生资源植物,具有突出的抗寒、抗旱、耐盐碱特性。本文以沙冬青为实验材料,利用RT-PCR和RACE技术克隆了沙冬青CBF/DREB1基因cDNA序列,并对其进行了序列分析。结果表明:沙冬青CBF/DREB1转录因子基因序列全长为991bp,包括624bp的开放阅读框(ORF),起始密码子ATG,终止密码子TAA,114bp的5’UTR和253bp的3’UTR,以及加尾信号AATAAA及poly(A)11。生物信息学预测其演绎的氨基酸序列具有AP2结构域,且AP2结构域的两端拥有CBF家族特有的PKK/RPAGRxKFxETRHP和DSAWR两段短多肽序列,属于CBF家族。沙冬青CBF/DREB1转录因子的克隆为进一步研究植物抗逆和获得抗性基因提供了新的候选基因,也为进一步从分子水平上验证其功能,深入理解植物适应干旱、低温和高盐机制奠定基础。

信息索引1048-1048

人类基因组miRNA转录调控区保守性DNA序列生物信息学分析1049-1055

摘要：MicroRNA(miRNA)的表达调控方式一直是一个有争议的问题,为了研究miRNA潜在的转录调控特点,本文通过Sanger网站miRNA数据库获得人类miRNA的信息,并建立miRNA相关信息数据库,用MEME和Wordspy两个软件对其上游2000bp序列进行保守性分析,得到保守性的DNA序列(motif),用TESS软件分析保守性DNA序列,预测其转录因子结合情况。通过比较位于基因间、反义链和内含子中的三类不同miRNA转录调控区的保守性和自主转录能力的差异,结果发现位于基因间、反义链上的miRNA上游调控区的保守性比位于内含子的miRNA高,在miRNA的转录调控区存在RNA聚合酶Ⅱ类型的转录因子结合位点,miRNA还表现出自身独特的转录调控方式。通过分析,我们还得到了miRNA表达调控中一些重要的转录因子以及独特的调控序列。本研究结果为miRNA转录调控机制的进一步研究提供了理论依据。

世界各地转基因食品政策一览1055-1055

摘要：美国政府对转基因食品的管理采取自愿标识的政策,由商家自愿标示并解释说明转基因食品与相应的传统产品相比对消费者具有同等的安全性。美国食品与药品管理局(FDA)主要负责转基因作物的食用安全性评估。但除非涉及食品特性的较大变化,如引入过敏源,否则不能强制商家添加食品标签,标明食品中的转基因成分。

链格孢ATMT转化体系的构建及弱毒突变株验证1056-1062

摘要：本文利用来自质粒pUCATPH的构巢曲霉色氨酸合成基因trpC的启动子(PtrpC)、终止子(TtrpC)和潮霉素磷酸转移酶抗性基因(hph)以及植物表达载体pROKⅡ成功构建了适用于丝状真菌的根癌农杆菌介导转化的双元载体pROKIIHPH,并转化根癌农杆菌Agrobacterium tumefaciens LBA4404,建立了根癌农杆菌LBA4404介导的链格孢Alternaria alternata分生孢子转化体系;再从乙酰丁香酮(AS)浓度、不同的共培养时间、受体菌分生孢子浓度和农杆菌菌液浓度对A. alternata转化效率的影响对体系进行优化。结果确定了根癌农杆菌菌液体积为200mL(OD600=0.15),A. alternata分生孢子浓度为106个/mL,在A. tumefaciens的预培养时期以及与A. alternata共培养时期分别加入200μmo1/LAS,共培养时间48h,转化率达120～200个/105分生孢子。在所筛选的约800个转化子中获得了1株毒性明显低于野生菌sd1的弱毒突变株t108,通过PCR验证推测其毒力降低可能由于T-DNA插入阻断了基因的表达。该实验结果为与突变相关基因的研究以及弱毒株t108的进一步研究和利用提供了实验材料,也为深入研究链格孢sd1菌株的基因功能奠定了基础。

微生物絮凝剂的菌种分离筛选及其产生条件的选择1063-1070

摘要：本研究采用根瘤菌选择性培养基和稀释平板法,从广西大学校园罗汉松和相思树植物根瘤中总共分离出20株菌落光滑型菌株,并分别对其发酵物作絮凝试验。研究结果表明,从罗汉松根瘤中筛选出一株絮凝率较高的菌株,暂编号为P2。对P2进行形态学观察结果表明:其菌落圆形、凸起、光滑、无色透明,其细胞杆状、菌体大小为0.5×(1～2)μm,该类细菌为革兰氏阴性细菌、有糖被、无芽孢,周生鞭毛;测序分析表明其16S rDNA序列与Rhizobium sp. DV816S rDNA(DQ873665.1)同源性达98%以上;生长和产絮凝剂最佳条件如下:配方为甘露醇10%,K2HPO4 0.3%,酵母膏0.03%,NaCl 0.5%,(NH4)2SO4 0.01%,脲0.03%液体培养基中,30℃,起始pH为7.0,转速为200r/min条件下培养发酵72h,产生的絮凝剂可使浓度为5000mg/L高岭土悬浮液在20min内絮凝率最高为92%。

基因组序列界定标准的建立1070-1070

摘要：1996年,来自世界基因组测序中心的主要研究人员在美国加州沃尔纳特克里克百慕达群岛的会议中将一个完整的基因组序列界定为:一个错误率为一万个碱基中只有一个或者少于一个错误的没有间隙的序列。这有效地设定了人类基因组序列的质量标准,并很快用于其它基因组测序中。如果一个基因组序列并没有满足这一严格的标准,它只会被认为是"草图"。

基于Cytb基因的九种多刺蚁(膜翅目:蚁科)的分子系统学1071-1080

摘要：为了提供我国多刺蚁属(Polyrhachis)昆虫的分子系统学资料,我们对9种多刺蚁的mtDNA的Cytb部分序列进行测定和分析。在所得465个位点的序列中,变异位点152个,占32.7%,碱基T、C、A和G的平均含量分别为42.0%、19.6%、29.2%和9.2%,A+T平均含量71.2%。在氨基酸组成上,共编码155个氨基酸。碱基替换主要发生在密码子第三位点,转换频率大于颠换频率,转换主要发生在T与C之间,颠换主要发生在T与A。以弓背蚁属(Camponotus)的黄斑弓背蚁(C. albosparsus)和浅毛弓背蚁(C.albivillosus)为外群,用NJ、MP及贝叶斯推论法构建系统发育树。本研究结果与经典分类结果相符:在9种多刺蚁中,Myrmhopla亚属的双齿多刺蚁(P. dives)独立成为一支,分化较早,位于系统进化树的最底部,最早分化出来;而Myrma亚属的亚毛多刺蚁(P. subpilosa)、梅氏多刺蚁(P. illaudata)、警觉多刺蚁(P. vigilans)以及拟梅氏多刺蚁(P.proxima)聚合成一支,位于系统进化树的最顶端,它们的亲缘关系相近,属于较进化的类群。但是Polyrhachis亚属的叶形多刺蚁(P. lamellidens)和Cyrtomyrma亚属的结多刺蚁(P. rastellata)的进化关系仍需要进一步探讨。

2个中国藏獒群体遗传多样性及遗传分化的研究1081-1086

摘要：本研究以青海土种犬和藏狮犬为对照,采用RAPD技术对河曲藏獒和青海藏獒群体的遗传多样性及遗传分化进行了分析。研究结果表明,河曲藏獒和青海藏獒群体的多态性位点百分率分别为85.53%和98.16%,平均多态性位点百分率为91.85%。藏獒群体遗传变异分析显示两个藏獒群体的有效等位基因数(Ne)、Nei氏平均预期基因杂合度(H)和Shannon遗传信息指数(I)的平均值分别为1.5354、0.3191和0.4807;且两个藏獒群体93.09%的变异来自群体内,仅6.91%变异来自群体间;两个群体间的基因流为3.3679。研究还发现两个藏獒群体之间的Nei氏标准遗传距离(D)为0.0505。本研究结果说明藏獒群体内遗传变异丰富,不同地域的藏獒群体之间存在广泛的基因交流,群体之间遗传分化程度很低,这为藏獒品种资源保护与合理开发利用提供了参考。

了解DNA修复与癌症1086-1086

摘要：Science Daily(2009年12月6日)——加州大学戴维斯分校的科学家发现,一种在DNA复制中起着关键作用的蛋白质在DNA修复内部断裂中也发挥了至关重要的作用,这项工作能帮助研究人员了解癌细胞如何能抵抗放疗和化疗,以及将细胞如何癌变放在首位。这种蛋白质被称作增殖细胞核抗原,它形成一个环以适应周围的DNA的双螺旋结构。

DGAT1基因K232A突变位点在3个中国荷斯坦母牛群体中的基因型频率分布及其与产奶量的相关性1087-1091

摘要：二脂酰甘油酰基转移酶1(acylCoA:diacylglycerol acyltransferase,DGAT1)基因是影响奶牛产奶性状的主效基因之一,其第八外显子上的第232位的赖氨酸转化为丙氨酸(K232A)的错义突变是影响产奶量、乳脂和乳蛋白含量的因果突变。本研究利用GenBank中已公布的牛DGAT1基因DNA序列,于K232A位点两端设计引物,采用PCR-RFLP方法鉴定来自新疆和江西的3个中国荷斯坦母牛群体共454个个体DGAT1基因K232A突变位点的基因型,使用SAS9.0软件分析供试群体基因型分布及其与产奶量的相关性。研究结果表明:K等位基因为441bp的PCR扩增片段,A等位基因为完全切开的202bp和239bp两片段。新疆1、新疆2和南昌金牛3个荷斯坦母牛群体在该位点上K等位基因的频率分别为51.9%、42.4%和27.2%;A等位基因的频率分别为48.1%、57.6%和72.8%。DGAT1基因K232A突变位点与三个母牛群体日平均产奶量的相关性分析发现在3个群体中KK型个体产奶量均低于AA型个体,但不同基因型个体间产奶量差异在统计学上没有显著差异。本研究为进一步探讨DGAT1基因在中国奶牛群体中的遗传效应及分子标记辅助选择培育良种奶牛提供参考。

SSR座位与秦川牛及其杂种牛生长性状的相关性分析1092-1096

摘要：本研究以秦川牛及其与利木赞牛、德国黄牛以及红安格斯牛的杂交F1代(4月龄)共4个牛群体总计164个个体为研究对象,以体尺性状作为衡量牛生长发育性状的指标,运用最小二乘线性模型,分析了10个SSR座位与生长发育性状的相关性。结果表明,10个多态SSR座位基因型对秦川牛及其杂交后代的生长发育性状效果不一:在ETH225座位,CH基因型(152/172)在4个群体内的体高、十字部高、尻长均显著低于其它基因型;BM1500座位,BC基因型(150/164)在十字部高、胸围、体重指标上高于BD型(150/170);HEL5座位,BD基因型(160/170)、EH基因型(172/180)在多项指标上大于其他基因型;BM2113座位,CG基因型(144/164)在体高、体长、腰角宽、胸围和体重指标上大于CF(144/160)、BF(142/160)基因型;CSSM66座位,BG基因型(183/211)在体高、十字部高、胸围指标高于AE基因型(181/207);HEL9座位BG基因型(158/178)在体高,十字部高、胸围、尻长和体重指标上大于EJ基因型(166/186)。本研究的结果旨在为科学评价秦川牛的遗传资源价值和良种选育提供理论依据。

广西本地水牛垂体的形态学与组织学观察1097-1100

摘要：本研究采用HE染色和Masson特殊染色方法对广西本地水牛垂体的形态学和组织学结构特征进行了观察分析,结果表明:广西本地水牛垂体呈卵圆形,重约1.19g,大小约为1.43cm×1.07cm×0.74cm。广西本地水牛的神经部在正中矢状面所占比例约为10%～15%。嗜酸性细胞、嗜碱性细胞的比例分别为42%和9.3%;母牛的嗜酸性细胞比例比公牛的高。观察结果揭示广西本地水牛垂体的结构与形态特征与其长期繁衍进化所处生态环境变化相适应,并与其生长、生产规律相一致。这些结果将为改良广西本地水牛提供形态学和组织学的理论依据。

槟榔烂果病的病原菌鉴定1101-1105

摘要：本研究分别从台湾槟榔病果中分离出病原菌Ar8904、Ar8905;从海南槟榔病果中分离出病原菌Ar8801、Ar8802、Ar8904以及从云南槟榔病果中分离出病原菌Ar8901、Ar892。将这些病原菌进行对比实验。研究结果表明,这7株病原菌在菌株形态、培养形状、寄主范围、致病性以及症状特征都十分的相似。因此,根据炭疽菌现代分类标准,我们可以初步确认台湾、海南、云南的槟榔病果均为同一种炭疽菌引起的。