甘蓝ARF基因家族的鉴定与生物信息学分析

作者:卫聪聪; 江定; 吴根堃; 陈长明

摘要:生长素响应因子(auxin response factor,ARF)基因家族是植物特有的转录因子家族,在调控植物生长发育过程中起重要作用。以公布的甘蓝基因组数据库为基础,采用生物信息学方法鉴定出29个ARF基因,命名为BoARFs,研究分析了其基因结构、染色体分布、蛋白质保守结构域、系统进化树及表达模式,以期为甘蓝ARF基因家族功能的深入研究提供参考依据。结果表明:BoARF家族基因结构相对复杂,含有2-14个外显子;在染色体上呈不均匀分布,除BoARF29基因未定位到染色体上外,其它基因均定位在不同的染色体上;所有BoARF蛋白均具有保守的B3结构域和Auxin_resp结构域,但只有21个BoARF蛋白包含1-2个AUX/IAA结构域;转录组数据表达模式分析表明,ARF基因具有不同的组织表达模式,部分基因表现出组织特异性。

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关键词:
  • 甘蓝
  • arf
  • 生物信息学

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期刊名称:北方园艺

期刊级别:北大期刊

期刊人气:17680

杂志介绍:
主管单位:黑龙江省农业科学院
主办单位:黑龙江省农业科学院
出版地方:黑龙江
快捷分类:农业
国际刊号:1001-0009
国内刊号:23-1247/S
邮发代号:14-150
创刊时间:1977
发行周期:半月刊
期刊开本:A4
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