摘要：为快速确定菊花SSR反应体系,利用正交实验设计L16（45）对菊花基因组SSR-PCR反应体系的5个因素（模板DNA、Mg2＋、dNTP、引物和Taq酶）在4个水平上进行正交设计,筛选出适合菊花的最佳SSR-PCR反应体系,进一步利用单因素完全随机试验筛选各反应因素的最佳水平。结果表明：建立菊花基因组DNA SSR-PCR反应体系为25μL：60ng模板DNA、2.0mmol/L Mg2＋、0.1mmol/L dNTP、0.3μmol/L引物、1UTaq酶。并对菊花引物进行梯度退火试验,其最佳退火温度在53.1℃;扩增程序是：95℃预变性5min;32个循环的94℃变性50s、53.1℃退火50s、72℃延伸50s;72℃延伸8min,4℃保存。该体系的建立为今后菊花SSR分析奠定了基础。