摘要：文章以北京市科学技术研究院的科技创新工程项目为例，论述了项目的顶层设计，从科技创新工程顶层设计的三个层面：方案的顶层设计、重点实验室的顶层设计、创新研究项目的顶层设计来阐述如何做好顶层设计以及面临的要点和难点问题，进一步摸清科技创新的规律和难点，推动科研院科技创新的进步和发展。